Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004471`

染色体: Chr02 坐标: 67103042-67104077 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004471`
名称	SmilChr02G004471
描述	protein THYLAKOID ASSEMBLY 8, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	67103042 - 67104077 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007760`
GeneID	`131007760`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007760`
原始查询	`LOC131007760`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein THYLAKOID ASSEMBLY 8, chloroplastic
产物	protein THYLAKOID ASSEMBLY 8%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G27750` (EMB3123) PPR containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822397] identity=52.9; qcov=0.751; evalue=1.13e-57; confidence=high
Rice	`Os01g0158100` - identity=41.3; qcov=0.735; evalue=5.07e-28; confidence=medium
GO	GO:0000373 (Group II intron splicing); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009658 (chloroplast organization)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007760

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057790659.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057790659.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790659.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790659.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790659.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:67103193`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	C39,C80
`Chr2:67103193`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	C39,C80
`Chr2:67103207`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:67103210`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A11
`Chr2:67103210`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A11
`Chr2:67103223`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	78	A10,A15,A16,A18,A19,A21,A6,B1,B103,B104,B105,B107,B112,B114,B12,B123,B127,B132,B134,B137,B138,B25,B26,B28,B3,B30,B31,B33,B4,B42,B43,B44,B46,B47,B48,B50,B54,B57,B58,B59,B62,B70,B71,B72,B78,B80,B82,B89,B91,B92,B98,C14,C2,C21,C22,C24,C26,C27,C32,C33,C34,C39,C42,C57,C67,C68,C73,C74,C8,C80,C81,C82,C83,C9,D11,D4,D6,D9
`Chr2:67103309`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr2:67103460`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr2:67103505`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B94,B98
`Chr2:67103564`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr2:67103586`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr2:67103608`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934676.1
TTTTATTTTCTTCATTTTCATTTTTTGAAATTACTGTTTATTTTCAAGTTTTTGGTATATTCTTTTGAAAAAATTCATTTTATTTTATTTTCTTCATTTTCATTTTTTGAAATTACTGTTTATTTCGTTTTATACAAATGACATTTCAGTCATTTCCAATCTCGGCCTCTTATCTTTTCCTGTTTAGTTTTTATCCAATTCACGAACAAGGCCAATTCCACCACCAAATGGCGGCCACCGCAAACTCAAACCTCGCTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007760
ATGACATTTCAGTCATTTCCAATCTCGGCCTCTTATCTTTTCCTGTTTAGTTTTTATCCAATTCACGAACAAGGCCAATTCCACCACCAAATGGCGGCCACCGCAAACTCAAACCTCGCTCTCTTCTCCGCCTCATCCTCCACCACCGCTGCCACTCTCCGCCGCGTCGTCACCGTGCGCTGCGGTCCGCGCGACAACCGGGGCCCGCTCCTCAAAGGCCGAATCCTCAGCACCGAAGCAATCCAAGCAATCCAATCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790659.1
MTFQSFPISASYLFLFSFYPIHEQGQFHHQMAATANSNLALFSASSSTTAATLRRVVTVRCGPRDNRGPLLKGRILSTEAIQAIQSLKRAYRSDPDNLPTHALRRLIKSDLTAALKELLRQDQCAVAAAVFSVIQSEYGADLNAYSEMVVALARKGLTAEIDALVDRMEEEAPAGIVCGESRGLLRLVKALIGAERKESTVRIYGMMKRSGLWSTWEMDEYLGRVLSKGLRRFGEGELADEVDSELARLYKGIFVKS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器