当前解析结果
SmilChr02G001290| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001290 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001290 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G001290 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 23724213 - 23725937 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007777 |
|---|---|
| GeneID | 131007777 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007777 |
| 原始查询 | LOC131007777 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | plant/protein (DUF1995) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821615]; symbol=AT3G20680; hit=AT3G20680; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | plant/protein (DUF1995) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821615]; symbol=AT3G20680; hit=AT3G20680; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT3G20680 (AT3G20680)plant/protein (DUF1995) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821615] identity=58.2; qcov=0.917; evalue=9.28e-115; confidence=high |
| Rice | Os05g0500400- identity=46.5; qcov=0.844; evalue=1.06e-77; confidence=high |
| GO | GO:0009507 (chloroplast) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF09353 (DUF1995) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007777 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057790678.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 1.00000 | XP_057790678.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790678.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790678.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790678.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:23724316 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:23724417 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,B91 |
Chr2:23724529 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B98 |
Chr2:23724648 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr2:23725038 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C9 |
Chr2:23725144 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C9 |
Chr2:23725328 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 21 | A5,B120,B121,B137,B15,B32,B42,B43,B71,B82,B89,C22,C50,C58,C62,C74,C80,C82,D10,D3,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790678.1PF09353
DUF1995 70-308 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790678.1 |
Pfam | PF09353 |
DUF1995 | Domain | 70 | 308 | 2.2e-37 | 129.7 | Domain of unknown function (DUF1995) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。