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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001311

染色体: Chr02 坐标: 24341578-24343361 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001311
名称SmilChr02G001311
描述uncharacterized SmilChr02G001311
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向24341578 - 24343361 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007791
GeneID131007791
locus_tag-
NCBI NameLOC131007791
原始查询LOC131007791

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835552]; symbol=AT5G54630; hit=AT5G54630; species=arabidopsis; confidence=high
产物zinc finger protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835552]; symbol=AT5G54630; hit=AT5G54630; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G54630 (AT5G54630)
zinc finger protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835552]
identity=59.4; qcov=1.16; evalue=8.4e-171; confidence=high
RiceOs01g0785900
-
identity=58.9; qcov=1.16; evalue=3.38e-170; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007791

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057790691.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057790691.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057790691.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790691.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790691.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:24342094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B137,B93,C49,D4
Chr2:24342331 C CCG 2bp_insertion frameshift_variant 49 A10,A11,A21,B101,B108,B11,B113,B114,B119,B124,B133,B135,B136,B139,B16,B17,B22,B26,B27,B29,B31,B37,B4,B44,B48,B6,B62,B75,B78,B82,B84,B89,C12,C18,C21,C30,C31,C40,C41,C44,C52,C6,C67,C73,C74,C79,C80,C87,D8
Chr2:24342335 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 13 A1,A19,B131,B14,B20,B41,B74,B9,C26,C27,C43,C46,C83
Chr2:24342345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr2:24342519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B91
Chr2:24342623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:24342634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B101,B40,C22,C85
Chr2:24342675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B40,B54,B74,B79
Chr2:24342808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B101,B40,C22,C36
Chr2:24342847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,B93
Chr2:24342952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B49
Chr2:24342966 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 2 A11,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934708.1
GGTAAGTGAAGCCCGTGATGGAAAAATTTCAAAAACCATATGATATGACAAATCAAACACAACAAGTGTCAGTCCAATTAATCATCGTCATATTTCTTCTCAAACCCAATATTCATCCACTTTAATCTGCATTCATATAATTCTTTTTAATTTTTGGGTTTGTTGTAATTTGTTTGATGAATGAAATTAGTAGCAAGTGATGAGGGGCCGCTTTCTTGAAAATGAAAAGGCAGAATTGCAATATTAATGTTAGCCAAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007791
ATGTGGGAGAAGACGAAGAAGAAGAAAGAGAAGATACCAAGCGTGTGGTTTTCATTGAAGAACTCACTCCACTGCAAATCCGACCCCTCCGATGTGCACGACCCTCACCCTCACCCTCGGCGGCCGGAGAAGCATCTGAGCTCAATCCTCACCAAGAAAAGCGGCCGCTCCGGCTGCTCGAGGTCCATCGCCAATCTCAAAGACGTGATCCATGGCAGCAAGAGGCATCTCGACAGGCCCCCCGCTTGCAGCCCTCGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790691.1
MWEKTKKKKEKIPSVWFSLKNSLHCKSDPSDVHDPHPHPRRPEKHLSSILTKKSGRSGCSRSIANLKDVIHGSKRHLDRPPACSPRSIGSSEFLNPIAHEVIFTNSKCDLKITGFHHDAAAAAVGNSRPAPQTATLNTKNPNLSLSQKRAPLERNAAVSGGAATCHKCGEQFVKWEALESHHLSKHAVTELVEGDSSRKIVEIICRSSKTESRSVRIERVLKVHNMHKSLCRFEDYREMVKMRASKLPKKHPRCLADGNE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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