当前解析结果
SmilChr02G001313| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001313 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001313 |
| 描述 | 50S ribosomal protein L24, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 24351347 - 24353477 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007792 |
|---|---|
| GeneID | 131007792 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007792 |
| 原始查询 | LOC131007792 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 50S ribosomal protein L24, chloroplastic |
| 产物 | 50S ribosomal protein L24%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT5G54600 (RPL24)Translation protein SH3-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835549] identity=69.2; qcov=0.915; evalue=1.36e-84; confidence=high |
| Rice | Os06g0683200- identity=60.9; qcov=0.979; evalue=8.4e-76; confidence=high |
| GO | GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation) |
| KEGG | smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00467 (KOW); PF17136 (ribosomal_L24) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007792 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057790692.1 |
| 2 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.40000 | XP_057790692.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790692.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790692.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790692.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:24353233 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B115,B64,C65 |
Chr2:24353233 |
A |
AG |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B115,B64,C65 |
Chr2:24353279 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A13,B101 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790692.1PF00467
KOW 69-98 aa
PF17136
ribosomal_L24 101-165 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790692.1 |
Pfam | PF00467 |
KOW | Family | 69 | 98 | 3.3e-08 | 33.7 | KOW motif |
XP_057790692.1 |
Pfam | PF17136 |
ribosomal_L24 | Domain | 101 | 165 | 7.9e-21 | 74.9 | Large ribosomal subunit protein uL24, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。