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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002195

染色体: Chr01 坐标: 38109007-38109480 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002195
名称SmilChr01G002195
描述protein SRC2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向38109007 - 38109480 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007804
GeneID131007804
locus_tag-
NCBI NameLOC131007804
原始查询LOC131007804

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SRC2-like
产物protein SRC2-like
ArabidopsisAT3G16510 (AT3G16510)
Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820899]
identity=36.2; qcov=0.879; evalue=2.82e-23; confidence=medium
RiceOs01g0934100
-
identity=41.1; qcov=0.898; evalue=3.52e-22; confidence=medium
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00168 (C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007804

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057790705.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057790705.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057790705.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790705.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790705.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:38109109 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr1:38109252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C20
Chr1:38109261 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:38109283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr1:38109300 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B53,B6,C54,C71
Chr1:38109316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B53,C54,C71
Chr1:38109472 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790705.1
157 aa
N
1
78
157
C2
C
PF00168 C2 5-102 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790705.1 Pfam PF00168 C2 Domain 5 102 1.9e-11 44.8 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934722.1
ATGGAGTGCAGAAAGTTCGAGATAACCCTAATTTCGGCCAGCGATCTGGAAAACGTGCGCGTGCTCGGCAAGATGAAGGTCCACGCGCGCGTCTTCCTCAGCGGCGGCGGCTTGGCCGACAGCGAGAAGCGCACGCCGTCGGACAAGCACGGCGAGACGAATCCGGCGTGGAACCACACGATGCGGTTCGCCGTGAGCGAGGCGATGGTGGAGAACTTCAACACAATGCTCGTCGTCAAGCTCTACTGCAAGCGGAAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007804
ATGGAGTGCAGAAAGTTCGAGATAACCCTAATTTCGGCCAGCGATCTGGAAAACGTGCGCGTGCTCGGCAAGATGAAGGTCCACGCGCGCGTCTTCCTCAGCGGCGGCGGCTTGGCCGACAGCGAGAAGCGCACGCCGTCGGACAAGCACGGCGAGACGAATCCGGCGTGGAACCACACGATGCGGTTCGCCGTGAGCGAGGCGATGGTGGAGAACTTCAACACAATGCTCGTCGTCAAGCTCTACTGCAAGCGGAAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790705.1
MECRKFEITLISASDLENVRVLGKMKVHARVFLSGGGLADSEKRTPSDKHGETNPAWNHTMRFAVSEAMVENFNTMLVVKLYCKRKLGDRYIGEIHTPVKELFDFARAAAGSAVVCFPVQKGCVNSQGMLRFAYKFGEKIMIDKLLLAESAAGLSLG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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