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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001344

染色体: Chr02 坐标: 25039731-25046103 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001344
名称SmilChr02G001344
描述uncharacterized SmilChr02G001344
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向25039731 - 25046103 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007819
GeneID131007819
locus_tag-
NCBI NameLOC131007819
原始查询LOC131007819

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine protease, putative (Protein of unknown function, DUF538) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835541]; symbol=AT5G54530; hit=AT5G54530; species=arabidopsis; confidence=high
产物serine protease, putative (Protein of unknown function, DUF538) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835541]; symbol=AT5G54530; hit=AT5G54530; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G54530 (AT5G54530)
serine protease, putative (Protein of unknown function, DUF538) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835541]
identity=55.6; qcov=0.858; evalue=1.27e-51; confidence=high
RiceOs01g0913100
-
identity=35.1; qcov=0.735; evalue=2.53e-24; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04398 (DUF538)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007819

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057790719.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057790719.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057790719.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790719.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790719.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790719.1
155 aa
N
1
78
155
DUF538
C
PF04398 DUF538 23-130 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790719.1 Pfam PF04398 DUF538 Family 23 130 1.8e-26 93.5 Protein of unknown function, DUF538

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934736.1
GAAAATCGAACTGAACCGCTATATTTATTAAATATATAATTTATTAATAATTTAATTAATTTCTATTGTCTAAACCCAAATTTTCTATTACACAACACACAGCAGCGCCGTCGGCTCCTCTCTTCTCCACTAAGAGACCAACATGACAGCGTCCAAACATAGGCAAGAGCTCTCTCGCCGCCTCTTAATTCTCCAGTCGGCGGCACTGATCGCACGGTGCGACTCAGGCCGTGTCTCTTCTTCGCCGTCCAACTCCAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007819
ATGGCGCTCTTCGCAATCCTCTCTCTCCTCCTTCTCTCTCTACCCCTCTGCCACTCCTCCTCCTCCATCCACGACCTCCTCAAATCCATGGGCCTGCCGCCGGGCCTCTTCCCCAAGGACGTGAAGTCGTACAACTTCTCCGGGTCGGGGCTCCTCCAAGTGTATCTGGACGCCCCCTGTTTGACCAAGTTCGACACCATGGCTTTGTACGACAGTGAGCTGCGCGCTAATCTCACCCACGGCAGCCTCACCGGCGTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790719.1
MALFAILSLLLLSLPLCHSSSSIHDLLKSMGLPPGLFPKDVKSYNFSGSGLLQVYLDAPCLTKFDTMALYDSELRANLTHGSLTGVHGLSQEELFLWLPVKDIIVNDPTSGLILIDIGVAHKQLSLSLFEDPPHCSKSGMKEQKGRKEKGLVAQV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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