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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000187

染色体: Chr02 坐标: 2347762-2349042 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000187
名称SmilChr02G000187
描述O-fucosyltransferase 23-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向2347762 - 2349042 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007827
GeneID131007827
locus_tag-
NCBI NameLOC131007827
原始查询LOC131007827

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述O-fucosyltransferase 23-like
产物O-fucosyltransferase 23-like
ArabidopsisAT3G05320 (AT3G05320)
O-fucosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819696]
identity=66.3; qcov=1.03; evalue=7.97e-75; confidence=high
RiceOs02g0168500
-
identity=57.1; qcov=0.994; evalue=2.66e-68; confidence=high
GOGO:0009875 (pollen-pistil interaction)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007827

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057790725.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057790725.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057790725.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790725.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790725.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:2347765 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B110
Chr2:2347765 TGG T 2bp_deletion CDS_variant 1 B110
Chr2:2347767 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B98,C48,C49
Chr2:2347767 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B98,C48,C49
Chr2:2347792 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B42,B49,B55,B79,B86,C78
Chr2:2347821 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr2:2347854 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C14,C31,C55
Chr2:2347874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B63,B83,C70
Chr2:2347892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr2:2347922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:2348014 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr2:2348034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B137

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934742.1
GACTGGATGATACACTGCAATAAACTGGAGCAGAGACTGAATGTTAGTGAAATTTGTAGCAGCAAGGAGCAAATCATGCAAAGAGTAGGTAACATTGTTGGATTAGAAACTCCTATTGTTATATACCTTGCTGTTGCTGATGACCTCCTTGAAGATAACTCCGTACTCGAGGGGTGGGGCAAAGGTTTACTTCCTTTCGAGAAGAAGAAGTTGGGAGAAGAAGAATTGGGTGTTCTTGACACGTACAAGAAGCACCCCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007827
GACTGGATGATACACTGCAATAAACTGGAGCAGAGACTGAATGTTAGTGAAATTTGTAGCAGCAAGGAGCAAATCATGCAAAGAGTAGGTAACATTGTTGGATTAGAAACTCCTATTGTTATATACCTTGCTGTTGCTGATGACCTCCTTGAAGATAACTCCGTACTCGAGGGGTGGGGCAAAGGTTTACTTCCTTTCGAGAAGAAGAAGTTGGGAGAAGAAGAATTGGGTGTTCTTGACACGTACAAGAAGCACCCCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790725.1
DWMIHCNKLEQRLNVSEICSSKEQIMQRVGNIVGLETPIVIYLAVADDLLEDNSVLEGWGKGLLPFEKKKLGEEELGVLDTYKKHPYLIQSAIDYEVCLRSDVFVGNTFSTFSSLIVLDRTQLMISKGLTQQCGLDVRWPSYAYNLEGELNGPRPWAANMSDVSLQAISYGSNHVSCR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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