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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000221

染色体: Chr02 坐标: 2879606-2881676 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000221
名称SmilChr02G000221
描述uncharacterized SmilChr02G000221
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向2879606 - 2881676 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007832
GeneID131007832
locus_tag-
NCBI NameLOC131007832
原始查询LOC131007832

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007832

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790731.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057790731.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790731.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790731.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790731.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:2879781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr2:2879796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:2879799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C32
Chr2:2879802 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr2:2879810 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C11,C69
Chr2:2879810 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr2:2879816 C CGT 2bp_insertion frameshift_variant 36 A21,A9,B123,B129,B138,B2,B20,B30,B39,B41,B55,B59,B71,B82,B96,B98,C1,C13,C14,C17,C22,C25,C27,C32,C41,C46,C5,C54,C57,C6,C61,C64,C68,C70,C80,D11
Chr2:2879825 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 43 A9,B123,B129,B13,B133,B138,B2,B20,B27,B30,B36,B39,B41,B55,B59,B66,B79,B8,B82,B98,C1,C13,C14,C17,C20,C22,C25,C27,C32,C41,C46,C5,C54,C57,C6,C61,C62,C64,C68,C70,C72,C80,D11
Chr2:2879837 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B67
Chr2:2879837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr2:2879853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B131
Chr2:2879867 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B29,B32,B46,B91,B99,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934748.1
ATGGGCAATTCGAAGGTATCGATGATGGTGGAGGCACTCTGCCAGAGTGGCAGAGAACCTTGCAGTGGTCATAGACCATATGATTGGCCGTCACCCTCTTGTCTTTCCGACCACCCAGACGAACTCCTGGTCGGAGTTCTCCATCGCCGCCGCGATCTCGTGCAGCAGAGGGATTTAAAATCTTCGTTCTCAGAGAGGAGAGTAGAAAAACTGAGGAGCATTGTTTTTGTTGGATCTTTGGAGGCTCTCTTTCATTATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007832
ATGGGCAATTCGAAGGTATCGATGATGGTGGAGGCACTCTGCCAGAGTGGCAGAGAACCTTGCAGTGGTCATAGACCATATGATTGGCCGTCACCCTCTTGTCTTTCCGACCACCCAGACGAACTCCTGGTCGGAGTTCTCCATCGCCGCCGCGATCTCGTGCAGCAGAGGGATTTAAAATCTTCGTTCTCAGAGAGGAGAGTAGAAAAACTGAGGAGCATTGTTTTTGTTGGATCTTTGGAGGCTCTCTTTCATTATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790731.1
MGNSKVSMMVEALCQSGREPCSGHRPYDWPSPSCLSDHPDELLVGVLHRRRDLVQQRDLKSSFSERRVEKLRSIVFVGSLEALFHYSNEKVEKLVGGVDGSARWRKRWHIGGMIMSGVGWWWRWCWCGAKPYSLAFSFLIKLNLSLSHHLPNLHSTLTVPSSFQNNFQIQKEKQDFTNKITNIKFHGHTVDPQRLVDMEQQLQDALAEIARQKEEMRQKEEQTDARFEAQQRMLDQILARLPPGSTGPTPPTGASS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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