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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000301

染色体: Chr02 坐标: 3800886-3801458 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000301
名称SmilChr02G000301
描述uncharacterized SmilChr02G000301
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向3800886 - 3801458 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007857
GeneID131007857
locus_tag-
NCBI NameLOC131007857
原始查询LOC131007857

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821607]; symbol=NDR1; hit=AT3G20600; species=arabidopsis; confidence=low
产物Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821607]; symbol=NDR1; hit=AT3G20600; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G20600 (NDR1)
Late embryosis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821607]
identity=27.1; qcov=1.01; evalue=2.15e-10; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007857

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790754.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790754.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790754.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790754.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790754.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:3801034 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B11,B48,B84,C65
Chr2:3801073 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr2:3801167 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr2:3801239 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934771.1
ATGGGCTCCAAAACTATATGCCTATGTTGCCTATTTTTTGTTGTGCTCTTCACCTCTCCATTTGTGATACTAATAACCCTAAGTTACGTGGGAGTGAAGCCAAGATTCTACATTCAAGAAATATACATTCCATCCCTCAATAATTCCAACACACACAATAATGCTACAAACCTCAACACTTCCATATTCATCGACCTCAAATTCAAGAGAGTGGTGGCCCACGTCCCCCTCCGCTACGAAGATGTAAACATCACACTCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007857
ATGGGCTCCAAAACTATATGCCTATGTTGCCTATTTTTTGTTGTGCTCTTCACCTCTCCATTTGTGATACTAATAACCCTAAGTTACGTGGGAGTGAAGCCAAGATTCTACATTCAAGAAATATACATTCCATCCCTCAATAATTCCAACACACACAATAATGCTACAAACCTCAACACTTCCATATTCATCGACCTCAAATTCAAGAGAGTGGTGGCCCACGTCCCCCTCCGCTACGAAGATGTAAACATCACACTCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790754.1
MGSKTICLCCLFFVVLFTSPFVILITLSYVGVKPRFYIQEIYIPSLNNSNTHNNATNLNTSIFIDLKFKRVVAHVPLRYEDVNITLYYGSNRSFGAVGSYVVAGFSQGKKKTARRRAVVEARGLPWEDAFEKISGGSAVALAVELATKYKLRRCDEGNCYYTKPKTVVVAADLVVDASGLEVSKKPIRLH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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