Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000398`

染色体: Chr02 坐标: 4917253-4919916 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000398`
名称	SmilChr02G000398
描述	protein PAT1 homolog 1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	4917253 - 4919916 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007880`
GeneID	`131007880`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007880`
原始查询	`LOC131007880`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PAT1 homolog 1-like
产物	protein PAT1 homolog 1-like
Arabidopsis	`AT3G22270` (AT3G22270) Topoisomerase II-associated protein PAT1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821797] identity=40.5; qcov=1.12; evalue=8.12e-58; confidence=medium
Rice	`Os02g0517300` - identity=36.8; qcov=0.906; evalue=1.09e-35; confidence=medium
GO	GO:0000290 (deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA); GO:0000932 (P-body); GO:0003723 (RNA binding); GO:0033962 (P-body assembly)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007880

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790775.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057790775.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057790775.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.40000	`XP_057790775.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057790775.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:4917523`	`C`	`CAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	24	A11,A14,A18,A23,B100,B130,B133,B14,B49,B6,B77,B80,B96,C2,C34,C4,C46,C52,C67,C68,C73,C79,C80,C87
`Chr2:4917565`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B35,C47
`Chr2:4917565`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B35,C47
`Chr2:4917598`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B108,B2,B90,C17
`Chr2:4917598`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B108,B2,B90,C17
`Chr2:4917690`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B124,B128,B41,B5,B53,B72,C85,D2
`Chr2:4917882`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B136
`Chr2:4917882`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B136
`Chr2:4917960`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C62
`Chr2:4918046`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B86,C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934792.1
ATGGAGAGATCCGACGGCAAGGATTTCAACGACTTCACCGACTTCTCCAGCAGCTCGGCTTCTGGTAGTGCGATGTTTGACGCGTCCCAGTATGCCTTCTTCGGTAAGGAGGCAATGGATGAAGTGGAATTGGGGGGTTTGGAGGATGATGAAGAGTTGAACAAAGTTGTTTCGGGACCAAGACATCCTGAAGTTATTGGTGATCGAGGGCCTGGATCTTTTTCTAGAGAGAGTTCATCAGCTACAGAGTGGACGCGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007880
ATGGAGAGATCCGACGGCAAGGATTTCAACGACTTCACCGACTTCTCCAGCAGCTCGGCTTCTGGTAGTGCGATGTTTGACGCGTCCCAGTATGCCTTCTTCGGTAAGGAGGCAATGGATGAAGTGGAATTGGGGGGTTTGGAGGATGATGAAGAGTTGAACAAAGTTGTTTCGGGACCAAGACATCCTGAAGTTATTGGTGATCGAGGGCCTGGATCTTTTTCTAGAGAGAGTTCATCAGCTACAGAGTGGACGCGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790775.1
MERSDGKDFNDFTDFSSSSASGSAMFDASQYAFFGKEAMDEVELGGLEDDEELNKVVSGPRHPEVIGDRGPGSFSRESSSATEWTRDTDFPEWFDHHMSDSECYEENKRWSSQPHLSSMFLSESKPLYRTSSYPQQQPQLLHASSEPILPPKSSFTSFPPPGSQKTSFNLSSLSSGPQSPFSAQNNSLLSNSTLNWSSLPVGFQYNANISHNNHLQNHWISHAGVLHGDHSILLDNILQHQLLSPQQPRRHLSFQPSLKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器