Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000411`

染色体: Chr02 坐标: 5160361-5161098 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000411`
名称	SmilChr02G000411
描述	extensin-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	5160361 - 5161098 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007884`
GeneID	`131007884`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007884`
原始查询	`LOC131007884`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	extensin-like
产物	extensin-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007884

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790779.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057790779.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790779.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790779.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790779.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:5160367`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B140,B58,B68,B96,C20,C82
`Chr2:5160375`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B96
`Chr2:5160377`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B28,B63,B91,C56,C59,C63
`Chr2:5160379`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C17,C20
`Chr2:5160394`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr2:5160395`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C51,C62
`Chr2:5160403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	14	A22,B102,B35,B49,B54,B79,B99,C21,C22,C23,C33,C60,C86,D5
`Chr2:5160405`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B123,B53,B83
`Chr2:5160409`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr2:5160410`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr2:5160411`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,B41
`Chr2:5160416`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	B27,B53,B85,B9,C11,C28,C7,C9,D1,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934796.1
ATGCCACAAACCCCGAAGGGGGGTCACGGCGGCGCCGTGCCACAGCGGCCGCCGTCGCCCCCCAAACCCAGCCCAGCCCTAACCCAACTCAGCCCGGCCCGGCCCACTCCCTTTTTAAAGACCCAAACCCTAGCTGCCTCACACCCACCTCCCGCCTCTCTCTCCCACGCCTCTCTCCTTTCCTTCCCAAACTCCTCACCACCACCACCACTTCCACCACCCTCAGCCACCACAGCCCAGCCCACACCCACCATCACCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007884
ATGCCACAAACCCCGAAGGGGGGTCACGGCGGCGCCGTGCCACAGCGGCCGCCGTCGCCCCCCAAACCCAGCCCAGCCCTAACCCAACTCAGCCCGGCCCGGCCCACTCCCTTTTTAAAGACCCAAACCCTAGCTGCCTCACACCCACCTCCCGCCTCTCTCTCCCACGCCTCTCTCCTTTCCTTCCCAAACTCCTCACCACCACCACCACTTCCACCACCCTCAGCCACCACAGCCCAGCCCACACCCACCATCACCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790779.1
MPQTPKGGHGGAVPQRPPSPPKPSPALTQLSPARPTPFLKTQTLAASHPPPASLSHASLLSFPNSSPPPPLPPPSATTAQPTPTITTATLRHTPTAAAAAAAPSNTATHTHLRHHSPFASNHHQPPSPSPCTAAAARQPTSCRCPATTFSRPRPLPCSTAAAVFTAAAVSTAAQSLHGRRGHHSCLRPPPPMDNLTTYKRRRHLIVDEDEDQAPPSPPTSSSRPPASSIRPLPPPLATEGYPACL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器