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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000443

染色体: Chr02 坐标: 5766958-5768426 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000443
名称SmilChr02G000443
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向5766958 - 5768426 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007896
GeneID131007896
locus_tag-
NCBI NameLOC131007896
原始查询LOC131007896

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
ArabidopsisAT4G38180 (FRS5)
FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974]
identity=24.8; qcov=1.02; evalue=7.68e-33; confidence=weak
RiceOs06g0166100
-
identity=30.8; qcov=0.976; evalue=9.63e-44; confidence=low
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007896

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057790790.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057790790.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057790790.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790790.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790790.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:5767146 T TAC 2bp_insertion frameshift_variant 4 B15,C25,C27,D1
Chr2:5767146 T TAC 2bp_insertion CDS_variant 4 B15,C25,C27,D1
Chr2:5767431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,A24,C40
Chr2:5767456 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 6 A22,A24,B106,B83,C16,C40
Chr2:5767505 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 37 A23,A3,A8,B106,B107,B109,B119,B128,B134,B135,B139,B20,B21,B31,B32,B44,B67,B72,B78,B83,B99,C16,C27,C29,C35,C36,C40,C43,C49,C51,C53,C63,C7,C74,C84,C85,D7
Chr2:5767536 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B132,C65
Chr2:5767589 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B132,C65
Chr2:5767737 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 7 B1,B4,B65,B66,B90,B93,C26
Chr2:5767816 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C65
Chr2:5767817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr2:5767864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B4,D11,D4
Chr2:5767876 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B102

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934807.1
ATGAGTAAAGCAATTGAGAAGGTGTTTCCACAGACAAGGCACAGATTGTGCATTTGGCATCTACATCAAAATGCACAATCTCATTTGGGAAAACTAAAAAGTGGTAAGACTTTTTATGATGCATTTCAAAGATGTATAACTGGCTGCATTGATTCATATGATTTTGAGGAATGTTGGAAAGCAATGGTTGAAAATCATAACTTGCAAAACAACTCGTGGATTCAGAGATTATATGAGTTAAGAGAAAAGTGGTCTAATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007896
ATGAGTAAAGCAATTGAGAAGGTGTTTCCACAGACAAGGCACAGATTGTGCATTTGGCATCTACATCAAAATGCACAATCTCATTTGGGAAAACTAAAAAGTGGTAAGACTTTTTATGATGCATTTCAAAGATGTATAACTGGCTGCATTGATTCATATGATTTTGAGGAATGTTGGAAAGCAATGGTTGAAAATCATAACTTGCAAAACAACTCGTGGATTCAGAGATTATATGAGTTAAGAGAAAAGTGGTCTAATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790790.1
MSKAIEKVFPQTRHRLCIWHLHQNAQSHLGKLKSGKTFYDAFQRCITGCIDSYDFEECWKAMVENHNLQNNSWIQRLYELREKWSNAFNKEYFSAGILSSQRSESTNHALGFKAKKTTNLTEFYGLFKQTIERWRSNELSDEFQCIRGQPTMALPMTGIIKQASKVYTLTVFKDFEKQFMRCLAGSFSLLSEEYDFKLYQVKDGQHTYQVSFYNVMNTLVTCTCNLFEECGILVCYINKRWTKLAKQALWDKNVEQQSKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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