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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000445

染色体: Chr02 坐标: 5829772-5831662 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000445
名称SmilChr02G000445
描述uncharacterized SmilChr02G000445
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向5829772 - 5831662 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007897
GeneID131007897
locus_tag-
NCBI NameLOC131007897
原始查询LOC131007897

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007897

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790793.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057790793.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057790793.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790793.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790793.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:5829792 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 2 B52,C80
Chr2:5829792 A AC 1bp_insertion CDS_variant 2 B52,C80
Chr2:5829823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C14,C25,C65,C78
Chr2:5829825 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,C78
Chr2:5829855 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 7 B24,B25,B42,B43,B55,B88,B90
Chr2:5829874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,C41,C78
Chr2:5829879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr2:5829889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:5829922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr2:5829927 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B4,B74,C2,C39,C68
Chr2:5829936 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 123 A10,A11,A13,A14,A15,A18,A19,A20,A21,A23,A3,A6,A8,B10,B100,B101,B107,B108,B111,B112,B115,B119,B12,B122,B125,B132,B133,B136,B137,B14,B140,B15,B16,B18,B2,B22,B27,B3,B30,B31,B32,B34,B35,B4,B41,B42,B46,B5,B50,B52,B53,B56,B57,B58,B60,B61,B63,B64,B65,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B76,B8,B86,B89,B91,B93,B96,B97,B98,C11,C14,C16,C18,C19,C2,C21,C23,C27,C29,C3,C30,C32,C33,C36,C37,C38,C39,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C50,C51,C53,C54,C56,C57,C59,C61,C68,C69,C70,C71,C77,C78,C8,C80,C81,C82,C83,C85,C86,D2,D4,D6,D8
Chr2:5829940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B84,C29,C30,C33,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934810.1
ATGGCCGAGGAATCGAGAGATGAGGAAGGGACTATAGTCAGAACTACTCCGGTGCCGGCTCCTTCTGCCCAAGACGACAAGTTGGACAAACTGTGCAACATGTTTGAAAAATTCATGACAAACCAAGGAACACCCAATCAAGGGATTCCCAACATTCGGAAGCCTGTGAAGCTAGGAGGAAATAACAGAGGGCAAAACCAGAAACCTTTTGAGCCCTACAGGCAGCAGTACAACAATCAAGGGTGGAGACAACATGAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007897
ATGGCCGAGGAATCGAGAGATGAGGAAGGGACTATAGTCAGAACTACTCCGGTGCCGGCTCCTTCTGCCCAAGACGACAAGTTGGACAAACTGTGCAACATGTTTGAAAAATTCATGACAAACCAAGGAACACCCAATCAAGGGATTCCCAACATTCGGAAGCCTGTGAAGCTAGGAGGAAATAACAGAGGGCAAAACCAGAAACCTTTTGAGCCCTACAGGCAGCAGTACAACAATCAAGGGTGGAGACAACATGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790793.1
MAEESRDEEGTIVRTTPVPAPSAQDDKLDKLCNMFEKFMTNQGTPNQGIPNIRKPVKLGGNNRGQNQKPFEPYRQQYNNQGWRQHENLRYGNNNFLGPNQGQTSNPPQYSQQPQQARGSSLSELVHQMAQQQVKFQQETEKFIMETRGGMQNVNSQLSHLAQAVARLESKQGELSSQVEVKKVNAMTLRGGKELPEVDKEKNQEKLEINEQIGMGSADEEELTQEKEAKRKATGKGKEKSSQTEPIIPFPGRMAKEQEKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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