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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000456`

染色体: Chr02 坐标: 6093714-6098014 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000456`
名称	SmilChr02G000456
描述	uncharacterized SmilChr02G000456
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	6093714 - 6098014 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007899`
GeneID	`131007899`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007899`
原始查询	`LOC131007899`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G51700` (AT3G51700) PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824333] identity=42.8; qcov=0.225; evalue=1.06e-66; confidence=weak
Rice	`Os04g0357300` - identity=36.8; qcov=0.353; evalue=1.19e-90; confidence=low
GO	GO:0000723 (telomere maintenance); GO:0003678 (DNA helicase activity); GO:0006281 (DNA repair)
KEGG	-
Pfam	PF05970 (PIF1); PF14214 (Helitron_like_N); PF21530 (Pif1_2B_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007899

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790795.1`
2	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057790795.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790795.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790795.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790795.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:6093753`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	54	A13,A18,A2,A20,B1,B103,B104,B107,B108,B114,B12,B121,B122,B131,B132,B2,B20,B21,B24,B28,B32,B40,B46,B49,B54,B59,B61,B67,B69,B74,B75,B78,B89,B94,B98,C11,C12,C18,C3,C37,C39,C46,C47,C65,C66,C67,C69,C76,C78,C86,C87,D1,D5,D6
`Chr2:6093772`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B26
`Chr2:6093772`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B26
`Chr2:6093774`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr2:6093785`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B21,B25,B59
`Chr2:6093796`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,C56
`Chr2:6093801`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	C45,C75
`Chr2:6093801`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	C45,C75
`Chr2:6093815`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,C65,C66
`Chr2:6093828`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,C80
`Chr2:6093844`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A9
`Chr2:6093850`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B89

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790795.1

1287 aa

644

1287

Helitron_like_N

PIF1

Pif1_2B_dom

PF14214 Helitron_like_N 151-333 aa PF05970 PIF1 792-1015 aa PF21530 Pif1_2B_dom 1111-1157 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790795.1`	Pfam	`PF14214`	Helitron_like_N	Domain	151	333	1.1e-63	215.6	Helitron helicase-like domain at N-terminus
`XP_057790795.1`	Pfam	`PF05970`	PIF1	Family	792	1015	1.9e-97	326.0	PIF1-like helicase
`XP_057790795.1`	Pfam	`PF21530`	Pif1_2B_dom	Domain	1111	1157	5.2e-19	68.4	DNA helicase Pif1, 2B domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934812.1
CAGTTTGATACCGGCTGAAGGTACTACACCAAAGTTTGCTCAACTATATATTTACGATACAGAAAACGAAGTTGCTAATAGGATGCAGTCTGTGAGGCAAAAAAGTGATAAAAACAATTTACATGCTGAAATTGTTTCTGATTTGAAGATAATGTTGGATGAAAATAATGTGTTAGTGAAGACATTTAGAATGGCAAAAGAGAAGATTATTGATCAAGGTCAATCTGATGTCAAGATAAAGCTTATTGGTAGACGACACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007899
ATGCAGTCTGTGAGGCAAAAAAGTGATAAAAACAATTTACATGCTGAAATTGTTTCTGATTTGAAGATAATGTTGGATGAAAATAATGTGTTAGTGAAGACATTTAGAATGGCAAAAGAGAAGATTATTGATCAAGGTCAATCTGATGTCAAGATAAAGCTTATTGGTAGACGACACGGTGATGCTCGAACATATAATCTACCAACCGTATCTGAAGTGGCTGCTTTAGTAGTTGGTGATTTTGATGAATCGATGGGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790795.1
MQSVRQKSDKNNLHAEIVSDLKIMLDENNVLVKTFRMAKEKIIDQGQSDVKIKLIGRRHGDARTYNLPTVSEVAALVVGDFDESMGDRDLIVETQTGELKRINELHAAYLGLQYPLLFPYGEDGFREDIPLNVPGSSSGNNARSNVTMKDYFAFRLHERESDATTILTSKRLFQQFVVDAYTMIESSRLMYIRMNQKKMRADLYKGLTDALIRGETNPATRGKRVILPSSFVGGARYMVQNYQDAMAICKWAGYPNLFIT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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