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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000476

染色体: Chr02 坐标: 6554251-6560125 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000476
名称SmilChr02G000476
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向6554251 - 6560125 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007905
GeneID131007905
locus_tag-
NCBI NameLOC131007905
原始查询LOC131007905

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=35.2; qcov=0.98; evalue=6.75e-176; confidence=medium
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=36.9; qcov=1.05; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007905

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790801.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790801.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790801.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790801.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790801.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:6554346 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B23,C27
Chr2:6554937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B16
Chr2:6555126 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,C24,C38
Chr2:6555278 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B82,C72
Chr2:6555278 CT C 1bp_deletion CDS_variant 2 B82,C72
Chr2:6555287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B21
Chr2:6555306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B125,B90,B92
Chr2:6555341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr2:6555388 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B71,B98
Chr2:6555388 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B71,B98
Chr2:6555419 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C46
Chr2:6555419 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790801.1
1122 aa
N
1
561
1122
LRRNT_2
LRR_4
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-68 aa PF12799 LRR_4 121-161 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF23598 LRR_14 162-274 aa PF00560 LRR_1 169-191 aa PF00560 LRR_1 193-214 aa PF00560 LRR_1 266-288 aa PF00560 LRR_1 364-385 aa PF00560 LRR_1 461-482 aa PF00560 LRR_1 555-576 aa PF00560 LRR_1 578-599 aa PF00560 LRR_1 698-719 aa PF00069 Pkinase 842-1109 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 844-1113 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790801.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 68 5.3e-06 27.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057790801.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 121 161 3.2e-30 104.2 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057790801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 3.7e-50 157.7 Leucine Rich Repeat
XP_057790801.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 162 274 1.5e-43 149.6 Leucine-rich repeat region
XP_057790801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 169 191 3.7e-50 157.7 Leucine Rich Repeat
XP_057790801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 193 214 3.7e-50 157.7 Leucine Rich Repeat
XP_057790801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 266 288 3.7e-50 157.7 Leucine Rich Repeat
XP_057790801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 364 385 3.7e-50 157.7 Leucine Rich Repeat
XP_057790801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 461 482 3.7e-50 157.7 Leucine Rich Repeat
XP_057790801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 555 576 3.7e-50 157.7 Leucine Rich Repeat
XP_057790801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 578 599 3.7e-50 157.7 Leucine Rich Repeat
XP_057790801.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 698 719 3.7e-50 157.7 Leucine Rich Repeat
XP_057790801.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 842 1109 1.8e-38 133.1 Protein kinase domain
XP_057790801.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 844 1113 2.4e-38 132.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934818.1
ATGGAGAAAAACATTTCTTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCCAATGATTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTATGAGCCTCGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATAGATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGGCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007905
ATGGAGAAAAACATTTCTTGCATTTTGCAGTATGCATTCCTAATTACCATAACCTTCCCAATGATTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTATGAGCCTCGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACATAGATCTCTTTTACTTGCAACTAATTGGACCAACTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTCCGGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790801.1
MEKNISCILQYAFLITITFPMISSEAKQPMSLATDQTALLSLKHRSLLLATNWTNSSSVCSWIGVTCSLRHHRVAALNLSNMALSGTIPPQLGHLSFLVSLDLSNNLFNGDLPQELSLLRRLKFISFRLNNFTGDIPPMLGQLPKLEHLNLRNNNFIGSIPKSLSNLTNLRFLDLTSNSLSGEIPKELGRLQSLQTLYVRSNHLSNVIPSAIFNISTLVVIALRDNELSGSLPTNICSNLPFLAELGLSFNQLSGVIPTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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