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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000518

染色体: Chr02 坐标: 7145294-7148274 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000518
名称SmilChr02G000518
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向7145294 - 7148274 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007924
GeneID131007924
locus_tag-
NCBI NameLOC131007924
原始查询LOC131007924

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=36.6; qcov=0.919; evalue=4.24e-84; confidence=medium
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38; qcov=0.943; evalue=6.23e-89; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009755 (hormone-mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007924

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790819.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790819.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790819.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790819.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790819.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:7145298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B21,B82,B93,C41
Chr2:7145309 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 54 A1,A11,A13,A23,A25,B108,B111,B112,B117,B118,B123,B124,B131,B134,B138,B140,B26,B4,B50,B51,B54,B55,B62,B67,B75,B76,B78,B89,B9,B98,B99,C11,C23,C26,C29,C35,C37,C4,C40,C44,C48,C49,C5,C55,C63,C67,C69,C76,C77,C80,C83,C84,C87,D3
Chr2:7145314 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B56,B96,C8
Chr2:7145314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B96,C8
Chr2:7145330 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B72,B75,C49,C79,C82
Chr2:7145331 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 100 A13,A14,A15,A16,A2,A20,A22,A3,A4,A9,B100,B101,B103,B104,B106,B114,B117,B119,B124,B125,B126,B127,B128,B132,B140,B16,B18,B19,B26,B27,B28,B33,B36,B37,B38,B39,B4,B45,B48,B5,B51,B52,B55,B56,B58,B59,B6,B62,B63,B64,B65,B69,B70,B71,B75,B79,B8,B80,B83,B85,B90,B91,B92,B93,B94,B96,B98,C1,C10,C14,C16,C21,C28,C31,C44,C47,C48,C5,C54,C56,C57,C59,C6,C62,C63,C64,C65,C66,C7,C70,C71,C72,C73,C78,D1,D10,D11,D4,D7,D8
Chr2:7145333 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 95 A13,A14,A15,A16,A2,A20,A22,A3,A4,A9,B100,B101,B103,B104,B106,B114,B117,B119,B124,B125,B126,B127,B128,B140,B16,B18,B19,B26,B27,B28,B33,B36,B37,B38,B39,B4,B45,B48,B5,B51,B52,B55,B56,B58,B59,B6,B63,B64,B65,B69,B70,B71,B79,B8,B80,B83,B85,B90,B91,B92,B94,B96,B98,C1,C14,C16,C21,C28,C31,C44,C47,C48,C5,C54,C56,C57,C59,C6,C62,C63,C64,C65,C66,C7,C70,C71,C72,C73,C78,D1,D10,D11,D4,D7,D8
Chr2:7145344 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 10 B126,B51,B59,B71,B79,C1,C31,C48,C6,D10
Chr2:7145484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,C30,C42,D11
Chr2:7145504 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B108,C26,C42,D11
Chr2:7145554 T TAG 2bp_insertion frameshift_variant 24 B10,B11,B20,B21,B23,B27,B4,B53,B59,B66,B67,B71,B80,B91,B94,C1,C27,C3,C31,C47,C68,C84,D10,D3
Chr2:7145557 GCT G 2bp_deletion frameshift_variant 25 B10,B102,B11,B20,B21,B23,B27,B4,B53,B59,B66,B67,B71,B80,B91,B94,C1,C27,C3,C31,C47,C68,C84,D10,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790819.1
558 aa
N
1
279
558
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 32-72 aa PF00560 LRR_1 102-121 aa PF00560 LRR_1 149-171 aa PF23598 LRR_14 167-278 aa PF00560 LRR_1 173-195 aa PF00560 LRR_1 197-218 aa PF00560 LRR_1 247-268 aa PF00560 LRR_1 270-292 aa PF00560 LRR_1 294-316 aa PF00560 LRR_1 367-389 aa PF13855 LRR_8 367-426 aa PF00560 LRR_1 391-412 aa PF00560 LRR_1 464-486 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790819.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 32 72 1.1e-09 39.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057790819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 102 121 4.9e-44 139.5 Leucine Rich Repeat
XP_057790819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 149 171 4.9e-44 139.5 Leucine Rich Repeat
XP_057790819.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 167 278 1.3e-33 117.0 Leucine-rich repeat region
XP_057790819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 173 195 4.9e-44 139.5 Leucine Rich Repeat
XP_057790819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 197 218 4.9e-44 139.5 Leucine Rich Repeat
XP_057790819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 247 268 4.9e-44 139.5 Leucine Rich Repeat
XP_057790819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 270 292 4.9e-44 139.5 Leucine Rich Repeat
XP_057790819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 294 316 4.9e-44 139.5 Leucine Rich Repeat
XP_057790819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 367 389 4.9e-44 139.5 Leucine Rich Repeat
XP_057790819.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 367 426 7.1e-36 122.5 Leucine rich repeat
XP_057790819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 391 412 4.9e-44 139.5 Leucine Rich Repeat
XP_057790819.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 464 486 4.9e-44 139.5 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934836.1
GGGACAGGCCAAAAAGGAAACTTAGTATTGCTTCATGGGACGGAGGGAGTATTAGAAGTGGTGAAAAAGTGAAAAGTAAGTGGTTTGATATAGTGCAAATATTGGTAAGAAGTTATTTTGTGGACGTCCCAAAAAGAAAAGTTAGGAAGTTCTTTCGTGGACAGATTAAATTTTAAAAAAAAAAAAATCTATCTCCATATTTATCTTTTGTTGATTAAATCTAATTTCCAAATTCTTTTTTATTTTTATTTACATTTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007924
ATGGAGAAAAAGCTTTATTCAATTTTTGCGTATGCATTCCTCACCATAAGCTTCCAAATGCTTTCTTGTGTAGCCAAACAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTTCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCATCTCCGACCCATCTCGTATACTCGCAACGAATTGGACCAACTCGACCTCCGTCTGCAGCTGGACTGGCGTCACTTGCAGCTTGCGCCACCCAAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCCAACATGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790819.1
MEKKLYSIFAYAFLTISFQMLSCVAKQPMSLATDQTSLLSLKQHIISDPSRILATNWTNSTSVCSWTGVTCSLRHPRVAALNLSNMALSGTIPPQLRHLSFLVSLDLTNNHFHGDLPQELSLLRRLKFISFRLNNFTGDIPPMFGQLPKLDYLNLRNNSFIGSIPKPLSNLTNLQFLDLAYNSLSGEIPKELGRLQSLQTLYVQSNHLSGAIPSAIFNISTLVAIGFTYNELSGSLPTDMCSNLPFLTVLSLSENQLSGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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