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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002247`

染色体: Chr01 坐标: 39077466-39078636 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002247`
名称	SmilChr01G002247
描述	uncharacterized SmilChr01G002247
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	39077466 - 39078636 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007954`
GeneID	`131007954`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007954`
原始查询	`LOC131007954`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os12g0142900` - identity=27.9; qcov=0.974; evalue=1.45e-21; confidence=low
GO	GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG	-
Pfam	PF08284 (RVP_2); PF09668 (Asp_protease); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007954

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057790849.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057790849.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790849.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790849.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790849.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:39077649`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr1:39077676`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr1:39077679`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr1:39077829`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr1:39077855`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B80,C33
`Chr1:39077855`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B80,C33
`Chr1:39078113`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr1:39078123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr1:39078172`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr1:39078602`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790849.1

269 aa

134

269

RVP_2

Asp_protease_2

Asp_protease

gag-asp_proteas

PRO_PEG10-RTL1

PF08284 RVP_2 2-108 aa PF13650 Asp_protease_2 3-89 aa PF09668 Asp_protease 3-95 aa PF13975 gag-asp_proteas 6-92 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 11-108 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790849.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	2	108	4.2e-25	88.8	Retroviral aspartyl protease
`XP_057790849.1`	Pfam	`PF13650`	Asp_protease_2	Domain	3	89	1.4e-09	39.2	Aspartyl protease
`XP_057790849.1`	Pfam	`PF09668`	Asp_protease	Domain	3	95	2.2e-06	28.5	Aspartyl protease
`XP_057790849.1`	Pfam	`PF13975`	gag-asp_proteas	Domain	6	92	7.6e-10	39.9	gag-polyprotein putative aspartyl protease
`XP_057790849.1`	Pfam	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	Domain	11	108	4e-12	47.2	PEG10/RTL1 protease domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934866.1
ATGATTAATGTTTTCGACGTGCCGGTTATAGCTTTGTTTGATACTGGAGCGTCCCACTCTTTCATTTCACATGCTGCTTGTAAGAGATTAGAACTGACTCCACAATTGGCTGAGACAACTTTAGAGGTTAGCACCCCTGGTGGTGGAAGATTGGCTGCTAAGGACATTATCTCAAACTTAGAGCTGAACATAGGTGCTGAAACGTTTAAGGCAGATTTGTACGTCATCTCTATGATAGAATTCGACATAATCATAGGGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007954
ATGATTAATGTTTTCGACGTGCCGGTTATAGCTTTGTTTGATACTGGAGCGTCCCACTCTTTCATTTCACATGCTGCTTGTAAGAGATTAGAACTGACTCCACAATTGGCTGAGACAACTTTAGAGGTTAGCACCCCTGGTGGTGGAAGATTGGCTGCTAAGGACATTATCTCAAACTTAGAGCTGAACATAGGTGCTGAAACGTTTAAGGCAGATTTGTACGTCATCTCTATGATAGAATTCGACATAATCATAGGGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790849.1
MINVFDVPVIALFDTGASHSFISHAACKRLELTPQLAETTLEVSTPGGGRLAAKDIISNLELNIGAETFKADLYVISMIEFDIIIGMDWLTQVGATILCSERKISFQSVGKEKASFHGIRMGGRVPVISAMKAIKMMRNGECRAFLVSLTGEREAKKTIEEVPVVRDFKYVFPEELPGMPPNRQLEFTIDLEPGAAPVSKAPYRMAPPELQELKVQLQELLDLGFIQPSVSPWGAPVLLKNNTKSTCASYSKPCVMRDCL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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