Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000642`

染色体: Chr02 坐标: 9710580-9716954 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000642`
名称	SmilChr02G000642
描述	uncharacterized SmilChr02G000642
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	9710580 - 9716954 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007970`
GeneID	`131007970`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007970`
原始查询	`LOC131007970`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831004]; symbol=AT5G11330; hit=AT5G11330; species=arabidopsis; confidence=high
产物	FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831004]; symbol=AT5G11330; hit=AT5G11330; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G11330` (AT5G11330) FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831004] identity=55.7; qcov=0.869; evalue=7.93e-72; confidence=high
Rice	`Os06g0597600` - identity=48.3; qcov=0.817; evalue=1.56e-48; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007970

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057790860.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057790860.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057790860.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790860.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790860.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:9715286`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,C14
`Chr2:9715292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,B114,C32,C43,C51
`Chr2:9715302`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B121,B76,C45
`Chr2:9715328`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B40,C78,D5
`Chr2:9715343`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B114,C32
`Chr2:9715352`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B49
`Chr2:9715352`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B49
`Chr2:9715370`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B40,C78,D5
`Chr2:9715382`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A14,B42
`Chr2:9715391`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	A19
`Chr2:9715391`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr2:9715409`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934877.1
ATGCTCGAAGAATCTTCAGAAACACACACAAACACGCAGTCGTTTGAAGATGAGGAAACAGAGAGGAAGGGGAAGGCGGTGGTGGTCAGTGACAGCATCGCTGGGTTGTCATGCACGCACGCGCTGATCATCGCCAGCTGGGGAGTAGTGGTGTTGGAGAAAACAAGCTCCCCGGCGACGGGTTGCGCCAACGGTGCCGGGCTCGGGTTCGACCCGTTGGCGCAGAAAGTCATCAAGTCATGGCTCGATGAGCCTCATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007970
ATGCTCGAAGAATCTTCAGAAACACACACAAACACGCAGTCGTTTGAAGATGAGGAAACAGAGAGGAAGGGGAAGGCGGTGGTGGTCAGTGACAGCATCGCTGGGTTGTCATGCACGCACGCGCTGATCATCGCCAGCTGGGGAGTAGTGGTGTTGGAGAAAACAAGCTCCCCGGCGACGGGTTGCGCCAACGGTGCCGGGCTCGGGTTCGACCCGTTGGCGCAGAAAGTCATCAAGTCATGGCTCGATGAGCCTCATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790860.1
MLEESSETHTNTQSFEDEETERKGKAVVVSDSIAGLSCTHALIIASWGVVVLEKTSSPATGCANGAGLGFDPLAQKVIKSWLDEPHALDLTTLPLTIDQNEATDGDKKINWMLIRDESFNFRAALWSDLYSLLYKALPPKTVRWGQTFLSFCVSDDGNRVRMKAKASQFGEIVEVAGDLLVAADGCLSSIRQSFFPECKLRFVNWLLMNYLKT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器