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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002264`

染色体: Chr01 坐标: 39437281-39438358 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002264`
名称	SmilChr01G002264
描述	uncharacterized SmilChr01G002264
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	39437281 - 39438358 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007974`
GeneID	`131007974`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007974`
原始查询	`LOC131007974`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os09g0122100; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os09g0122100; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G41980` (AT5G41980) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=35.3; qcov=1.04; evalue=1.22e-48; confidence=medium
Rice	`Os09g0122100` - identity=44.1; qcov=0.928; evalue=1.96e-65; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007974

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790865.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057790865.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790865.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790865.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790865.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:39437301`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	A7,B117,B70,B83,C46,C65
`Chr1:39437323`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B22,B44,C58,C64
`Chr1:39437335`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B98
`Chr1:39437335`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B98
`Chr1:39437338`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	B112,B49,B56,B69,C18,C36,C38,C41,C58,C60,C65,C72
`Chr1:39437341`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B49,B73,C57,C71,D3
`Chr1:39437367`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,C15,C56
`Chr1:39437388`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,C42,C80
`Chr1:39437415`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B64,C9
`Chr1:39437431`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B10,B110,B112,C20
`Chr1:39437439`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B17,C30,C70
`Chr1:39437446`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790865.1

264 aa

132

264

DDE_Tnp_1

DDE_Tnp_4

Plant_tran

PF01609 DDE_Tnp_1 38-202 aa PF13359 DDE_Tnp_4 43-204 aa PF04827 Plant_tran 147-206 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790865.1`	Pfam	`PF01609`	DDE_Tnp_1	Domain	38	202	5.4e-09	36.8	Transposase DDE domain
`XP_057790865.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	43	204	1e-24	87.7	DDE superfamily endonuclease
`XP_057790865.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	147	206	9.2e-07	29.4	Plant transposon protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934882.1
ATGGTAGATACGTATATCCATGTGGTCCTTAAGGCTGTGCTCTCACTCCACCTATTGCTGTTCGTTCCTGTCACGGAGGAATGCAACGACAGCCGTTGGAAATGGTTTAATGGTTGTTTGGGAGCTTTGGATGGTACGTACATCGATGTGATGGTATCTAACGAAGACAAGCCACGATATAGGACACGGAAGGGTCATATATCGACTAACACTTTGGCTGTTTGCGATAGAAATCTCAAGTTTACATATGTGCTGCCAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007974
ATGGTAGATACGTATATCCATGTGGTCCTTAAGGCTGTGCTCTCACTCCACCTATTGCTGTTCGTTCCTGTCACGGAGGAATGCAACGACAGCCGTTGGAAATGGTTTAATGGTTGTTTGGGAGCTTTGGATGGTACGTACATCGATGTGATGGTATCTAACGAAGACAAGCCACGATATAGGACACGGAAGGGTCATATATCGACTAACACTTTGGCTGTTTGCGATAGAAATCTCAAGTTTACATATGTGCTGCCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790865.1
MVDTYIHVVLKAVLSLHLLLFVPVTEECNDSRWKWFNGCLGALDGTYIDVMVSNEDKPRYRTRKGHISTNTLAVCDRNLKFTYVLPGWEGSAADSRILRDSLSRPYGLRVPKGNYYLCDNGYANCEGFLAPYKGVRYHLKEWGPMAARPQNPKELFNLRHAKARNAIERVFGVMKMRWGILRSASYYPIKIQIRLIMACFVLHNFIRGEMVVDPIEQQFDGLFPEAAELEPDHGEVVDSVDPSPVWNAARDELAHSMWQQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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