Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000670`

染色体: Chr02 坐标: 10339992-10340971 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000670`
名称	SmilChr02G000670
描述	uncharacterized SmilChr02G000670
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	10339992 - 10340971 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007981`
GeneID	`131007981`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007981`
原始查询	`LOC131007981`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007981

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790871.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057790871.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790871.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790871.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790871.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:10339994`	`G`	`GAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	24	A15,A25,A8,B109,B128,B129,B136,B138,B139,B16,B29,B47,B51,B53,B72,C13,C18,C21,C3,C37,C44,C74,C76,C86
`Chr2:10340034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B56,C52,C62
`Chr2:10340041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr2:10340120`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	50	A13,A19,A4,A5,B1,B100,B103,B112,B113,B115,B120,B126,B127,B134,B135,B137,B17,B18,B2,B22,B27,B28,B35,B37,B45,B51,B61,B63,B7,B74,B79,B83,B85,B90,C12,C17,C25,C31,C39,C40,C41,C46,C47,C53,C54,C71,C86,C9,D6,D8
`Chr2:10340172`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B10,B135,B18,C70
`Chr2:10340232`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	83	A1,A11,A14,A16,A2,A20,A23,A24,A3,A5,A7,A8,B108,B109,B112,B115,B119,B122,B128,B129,B131,B15,B17,B2,B21,B25,B26,B32,B33,B38,B39,B4,B42,B43,B48,B49,B5,B55,B59,B60,B67,B68,B70,B75,B76,B77,B78,B9,B93,B97,B98,B99,C10,C13,C16,C18,C19,C2,C22,C24,C25,C3,C33,C36,C38,C40,C43,C44,C47,C5,C55,C60,C61,C62,C64,C66,C70,C72,C74,C78,C84,C86,D7
`Chr2:10340242`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	7	A1,A23,B70,B76,B98,C5,C55
`Chr2:10340291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	17	A19,B1,B111,B113,B134,B135,B137,B35,B41,B61,B7,B74,B79,B83,C28,C39,C86
`Chr2:10340348`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:10340375`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C22
`Chr2:10340375`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C22
`Chr2:10340422`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934888.1
ATGGATAGAGAGATCTTGGATCCTCGACAGGAAAGACCTCAACTGATCAGAGAGTTAGGCCGTCATAGAAACAATTACCCTTTGTGTATTGTCCTTCCTGCCATTAATGGCAACGCTGAAATACTGCCTGGTTTCATTCAAGTGCTAACCAAGTTCGGTGATTTACCTGGAGAAAGTGCACACAAGCATCTCGCTGAATTTGATCTAGTTTGCTCAACTCTACGCCCTCATGGTTTTACTGAAAATAACTTGAGGCTATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007981
ATGGATAGAGAGATCTTGGATCCTCGACAGGAAAGACCTCAACTGATCAGAGAGTTAGGCCGTCATAGAAACAATTACCCTTTGTGTATTGTCCTTCCTGCCATTAATGGCAACGCTGAAATACTGCCTGGTTTCATTCAAGTGCTAACCAAGTTCGGTGATTTACCTGGAGAAAGTGCACACAAGCATCTCGCTGAATTTGATCTAGTTTGCTCAACTCTACGCCCTCATGGTTTTACTGAAAATAACTTGAGGCTATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790871.1
MDREILDPRQERPQLIRELGRHRNNYPLCIVLPAINGNAEILPGFIQVLTKFGDLPGESAHKHLAEFDLVCSTLRPHGFTENNLRLLTFSHTLQGRARDWLFDLPPGSIRTWGDLEEQFLRKFFPESRAANLRMAISSIKQKKAESLADYWERFQQLCRKCPDHGFSDYQLKIVDAACGGSLTNKTLDEAKQLIIDMVSNGQQYEDEDDDDDRYRPVQKAEDSSVNEKIDAITSLFRGLDDNNVEQACMGSADEQEMNAQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器