Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000679`

染色体: Chr02 坐标: 10634598-10635767 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000679`
名称	SmilChr02G000679
描述	uncharacterized SmilChr02G000679
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	10634598 - 10635767 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007984`
GeneID	`131007984`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007984`
原始查询	`LOC131007984`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os03g0439900` - identity=35.2; qcov=0.373; evalue=4.24e-13; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007984

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790874.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057790874.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057790874.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057790874.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057790874.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:10634610`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	31	A25,A6,A9,B101,B105,B107,B124,B127,B18,B20,B28,B40,B5,B57,B61,B64,B71,C18,C38,C40,C43,C49,C51,C52,C57,C58,C59,C60,C62,C71,C80
`Chr2:10634616`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B53,C17
`Chr2:10634616`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C17
`Chr2:10634622`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr2:10634631`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr2:10634632`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr2:10634647`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,B14,C66
`Chr2:10634688`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A9,B13,C76
`Chr2:10634688`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B13,C76
`Chr2:10634701`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr2:10634724`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C48,D7
`Chr2:10634756`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B8,C3,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934891.1
ATGGATATCAAACAGGACCAGAATGAAACACTGCGGGAGTATACTGCCAGGTTCAACCTAGCCGCCCTGGAGGTGCCAGAGGCGGAGTCGCAAATTAAGAATTGCGCTTATGTCAGAGGACTAAAGCCGGGTTTATTCTTCGACGAACTACAAATCAGACCGGCCAGGGATTTCGACGACATTATGGCAAGATTGCCAGGCTATTTACAGTTGGAAGACGCCAGGATGGCGCGAAAGGTGGAAAATGATAAGCACAAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007984
ATGGATATCAAACAGGACCAGAATGAAACACTGCGGGAGTATACTGCCAGGTTCAACCTAGCCGCCCTGGAGGTGCCAGAGGCGGAGTCGCAAATTAAGAATTGCGCTTATGTCAGAGGACTAAAGCCGGGTTTATTCTTCGACGAACTACAAATCAGACCGGCCAGGGATTTCGACGACATTATGGCAAGATTGCCAGGCTATTTACAGTTGGAAGACGCCAGGATGGCGCGAAAGGTGGAAAATGATAAGCACAAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790874.1
MDIKQDQNETLREYTARFNLAALEVPEAESQIKNCAYVRGLKPGLFFDELQIRPARDFDDIMARLPGYLQLEDARMARKVENDKHKARRAEAASESNTRHQDRAPFRGLPPRVLPPQGEMPPRHQRTVNEVTRFTEYTPLNKPHEEIFHLIKNQPFFRAPGTYRDGPPQEGPNNKLCEYHNTYGHYTRFCGHLKHQLEPLVRQGNLDQFIDKENEGQRRNQENDQRDHRDQRDHRDQMDQRNNREQRQEQGNNQDRRPED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器