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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000683

染色体: Chr02 坐标: 10780977-10781785 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000683
名称SmilChr02G000683
描述uncharacterized SmilChr02G000683
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向10780977 - 10781785 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007986
GeneID131007986
locus_tag-
NCBI NameLOC131007986
原始查询LOC131007986

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007986

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790875.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057790875.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790875.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790875.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790875.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:10780981 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 3 B104,C52,C6
Chr2:10780981 A ATC 2bp_insertion CDS_variant 3 B104,C52,C6
Chr2:10780989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B134
Chr2:10780996 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 8 B106,B111,B14,B95,C14,C40,C71,D3
Chr2:10781036 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 22 A10,A11,A15,A22,B136,B23,B38,B39,B47,B53,B58,B65,B67,B70,B71,B96,C23,C39,C42,C59,C65,C84
Chr2:10781121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B35,C56,C65,C85
Chr2:10781123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,C56,C65
Chr2:10781136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr2:10781176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B33,B69,C56,C85
Chr2:10781294 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B38,C39,C65
Chr2:10781294 G GT 1bp_insertion CDS_variant 3 B38,C39,C65
Chr2:10781415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B10,B18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934892.1
ATGTTATTCGACGGAAAAATAGGGATTTGGCCGTTTACAGAACTGGTGCCTGCTAAAAGGAACAGCAAAAACAGGGAGGCTGGAACTTTGGAGTTAAAACCAATCGAGAGCATAACAAAGCAAGTCACAAAGCATTGTTTTATCAATAAGATGATACCAGCCATAAAGCTTAAATGGCCAGCATTTGCAAGCAAAGTGATTTTCATTCAACAAGACAATGCAAGGCCTCACATCAAGGATGATGATCCAGATTTTAGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007986
ATGTTATTCGACGGAAAAATAGGGATTTGGCCGTTTACAGAACTGGTGCCTGCTAAAAGGAACAGCAAAAACAGGGAGGCTGGAACTTTGGAGTTAAAACCAATCGAGAGCATAACAAAGCAAGTCACAAAGCATTGTTTTATCAATAAGATGATACCAGCCATAAAGCTTAAATGGCCAGCATTTGCAAGCAAAGTGATTTTCATTCAACAAGACAATGCAAGGCCTCACATCAAGGATGATGATCCAGATTTTAGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790875.1
MLFDGKIGIWPFTELVPAKRNSKNREAGTLELKPIESITKQVTKHCFINKMIPAIKLKWPAFASKVIFIQQDNARPHIKDDDPDFRQRKKQSLQTENVCNNVEELVATVEKSYEDLSPTTLNNVFLSLQGCMVEMMKVKGHNAYKIPHMKKGTLIRQNELPINLEVSSELVKECLQYLVDNGCEEGMGIGIDLSI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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