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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002278

染色体: Chr01 坐标: 39547924-39548787 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002278
名称SmilChr01G002278
描述uncharacterized SmilChr01G002278
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向39547924 - 39548787 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007993
GeneID131007993
locus_tag-
NCBI NameLOC131007993
原始查询LOC131007993

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
产物hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G06740 (MUG3)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669]
identity=21.4; qcov=1.01; evalue=8.95e-11; confidence=weak
RiceOs12g0597300
-
identity=27.3; qcov=1.01; evalue=7.51e-21; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007993

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790884.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057790884.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790884.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790884.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790884.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:39547972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr1:39547991 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B87,C67
Chr1:39547991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B87,C67
Chr1:39548006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr1:39548009 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B33,B80,B89,B97,C44
Chr1:39548011 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,C39
Chr1:39548036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr1:39548046 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,C57,D11
Chr1:39548049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,C57,D11
Chr1:39548061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr1:39548075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B127,B40,B54
Chr1:39548096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C23,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934901.1
ATGTCGGCTATGGCTCAATTGAAGCCGGCGGCGTACGAGAAGTTGATGCGCGTAGGCCCTGAGAAGTGGGCACGATCACAAAGTCCGGTGACCCGTTATAGTTTTCTTACATCTAATGCTGTCGAGGCTTTGAATGCCCGTTTGTTGTGGGCCAGACGCCTTCCTATATGCTCCATGCTGGAGGCAATCAGGATGGTTCTGGAGCAGTGGTTCAATGACAGACTTGCGTCTGCGGAAGAGAGCGATGATCTTCTTACTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007993
ATGTCGGCTATGGCTCAATTGAAGCCGGCGGCGTACGAGAAGTTGATGCGCGTAGGCCCTGAGAAGTGGGCACGATCACAAAGTCCGGTGACCCGTTATAGTTTTCTTACATCTAATGCTGTCGAGGCTTTGAATGCCCGTTTGTTGTGGGCCAGACGCCTTCCTATATGCTCCATGCTGGAGGCAATCAGGATGGTTCTGGAGCAGTGGTTCAATGACAGACTTGCGTCTGCGGAAGAGAGCGATGATCTTCTTACTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790884.1
MSAMAQLKPAAYEKLMRVGPEKWARSQSPVTRYSFLTSNAVEALNARLLWARRLPICSMLEAIRMVLEQWFNDRLASAEESDDLLTPEATQKISAEISKSRRYTAKRTSERKYRVRVGDRRFMVDLQAKSCECNEFDLDDMPETKEPVEDYVEAYYLRSSLVQTYSGPVNHLPPLEHWKIPFEVATDIVLPNLSRRQAGRPRESRIPSAGERPTQRTTTTDASSSLGKRAPKTCGLCGSPGHTRRACKGTGWEQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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