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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000280`

染色体: Chr01 坐标: 5517309-5520264 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000280`
名称	SmilChr01G000280
描述	uncharacterized SmilChr01G000280
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	5517309 - 5520264 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131007998`
GeneID	`131007998`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131007998`
原始查询	`LOC131007998`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0202300` - identity=32.6; qcov=0.416; evalue=2.72e-59; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00075 (RNase_H); PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131007998

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790905.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057790905.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057790905.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790905.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790905.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:5517315`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	69	A10,A11,A13,A18,A22,A25,A6,A7,A8,A9,B100,B106,B108,B112,B115,B12,B121,B123,B126,B127,B130,B134,B137,B19,B20,B23,B24,B27,B3,B32,B33,B35,B39,B40,B44,B50,B54,B59,B62,B72,B77,B80,B82,B90,B98,C13,C16,C19,C22,C26,C30,C31,C34,C35,C41,C47,C49,C53,C54,C57,C58,C62,C64,C66,C67,C70,C81,D4,D7
`Chr1:5517316`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B1,B123,B39,B57,B59,C31,C54,C74
`Chr1:5517329`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B125,B140,B15,B56,B74,B90,B92,B96
`Chr1:5517355`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,C87
`Chr1:5517359`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,C73
`Chr1:5517366`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr1:5517375`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr1:5517410`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B38,B68,B81
`Chr1:5517422`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	12	A9,B102,B113,B25,B46,B53,B61,B72,B94,C27,C70,C87
`Chr1:5517424`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B121,B76
`Chr1:5517425`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,B9,B95
`Chr1:5517449`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B52,C41,C74,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790905.1

913 aa

456

913

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RNase_H

RVT_3

PF00078 RVT_1 331-490 aa PF17919 RT_RNaseH_2 553-651 aa PF17917 RT_RNaseH 586-680 aa PF00075 RNase_H 712-823 aa PF13456 RVT_3 716-832 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790905.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	331	490	1.1e-31	111.0	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057790905.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	553	651	9e-18	64.9	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057790905.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	586	680	6.2e-14	52.7	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057790905.1`	Pfam	`PF00075`	RNase_H	Domain	712	823	4.4e-06	27.6	RNase H
`XP_057790905.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	716	832	1.3e-13	51.6	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934922.1
ATGAAAATCACAGGCGCAGTAGAGGACCTGAGGACACTCATGTACCCCCATGATGACGCGCTGGTTTTCACGGCCGACATAGCAACTTGTATTGTACATCGCATCTTCGTGGACTCTGAGAGTGCGGTGAATATTTTATACTTAGAATGTCTCCAAAGTATGGGGATCGAGGCTAATATTGAACCCACGAACGCCACTCTGTTCGGATTCAGCGGAGAAATCATCATGCCACTGGGGTTTGTGGAGTTACAAGTTACTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131007998
ATGAAAATCACAGGCGCAGTAGAGGACCTGAGGACACTCATGTACCCCCATGATGACGCGCTGGTTTTCACGGCCGACATAGCAACTTGTATTGTACATCGCATCTTCGTGGACTCTGAGAGTGCGGTGAATATTTTATACTTAGAATGTCTCCAAAGTATGGGGATCGAGGCTAATATTGAACCCACGAACGCCACTCTGTTCGGATTCAGCGGAGAAATCATCATGCCACTGGGGTTTGTGGAGTTACAAGTTACTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790905.1
MKITGAVEDLRTLMYPHDDALVFTADIATCIVHRIFVDSESAVNILYLECLQSMGIEANIEPTNATLFGFSGEIIMPLGFVELQVTLGRADACKNRMIRFLVVDMPKPSYNVILGRPALTAFRAIISMFHLKMKFPIGGGRVGEVWDDQKMSKECHVRMLTQSSVQKRERERATEGSDTRKKGKTSDVAGPAEERWELSELLNARENSEKSALISTNGVCNMIDLFPGKEDFQTKIGSSMNEQTRAELINCLQRNADVFA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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