Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000779

染色体: Chr02 坐标: 12764242-12765276 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000779
名称SmilChr02G000779
描述uncharacterized SmilChr02G000779
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向12764242 - 12765276 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008012
GeneID131008012
locus_tag-
NCBI NameLOC131008012
原始查询LOC131008012

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008012

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790899.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057790899.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790899.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790899.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790899.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:12764283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B74
Chr2:12764302 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,C40
Chr2:12764349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B18,B61,C48,C75,C83
Chr2:12764353 CGG C 2bp_deletion frameshift_variant 5 B18,B61,C48,C75,C83
Chr2:12764353 CGG C 2bp_deletion CDS_variant 5 B18,B61,C48,C75,C83
Chr2:12764361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B18,B61,C48,C75,C83
Chr2:12764362 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 5 B18,B61,C48,C75,C83
Chr2:12764362 T TTA 2bp_insertion CDS_variant 5 B18,B61,C48,C75,C83
Chr2:12764370 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 57 A1,A13,A15,A16,A2,A24,A3,A7,B106,B111,B112,B115,B119,B122,B129,B13,B131,B136,B140,B18,B19,B2,B35,B47,B49,B55,B56,B59,B63,B67,B77,B80,B86,B89,B91,B96,C1,C23,C27,C30,C35,C37,C4,C41,C47,C59,C61,C65,C71,C75,C76,C81,C83,C86,D10,D5,D8
Chr2:12764373 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 116 A11,A16,A18,A19,A23,A4,A6,A7,A8,B1,B10,B101,B104,B105,B108,B110,B113,B12,B120,B121,B123,B124,B127,B128,B129,B13,B130,B132,B134,B14,B140,B16,B18,B19,B20,B22,B23,B24,B25,B3,B31,B32,B36,B38,B40,B45,B49,B50,B51,B53,B57,B59,B6,B60,B62,B66,B7,B71,B72,B74,B75,B78,B79,B86,B87,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B98,B99,C10,C12,C13,C14,C16,C19,C2,C22,C25,C26,C28,C3,C31,C32,C34,C35,C38,C39,C41,C42,C46,C48,C49,C52,C56,C6,C60,C62,C65,C67,C68,C70,C75,C78,C8,C84,C85,C86,C87,D2,D5,D6,D7
Chr2:12764376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,B61,C75,C83
Chr2:12764395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B61,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934916.1
ATGTGGGATGCCATACATGATGTTTTTGCGGTAATCCGTGATTACCTGTCTGCTCATGGCTTTGATTGCATGGATCCAGCAGGTAACCTTAAGCTGATGGCTGTAAAACAAGAAACCTTTGACCAGCCTACTGAAGCGGCTGCGACTGAAGAGACACTCATTGCTGGCACCACAGAAGTTCTTGTGGATGACTCAGCATTAACTGATGATGATGCGCCTTCAAAGTCTCCAACTGAAGAGCCATCATCTCCCCCTCGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008012
ATGTGGGATGCCATACATGATGTTTTTGCGGTAATCCGTGATTACCTGTCTGCTCATGGCTTTGATTGCATGGATCCAGCAGGTAACCTTAAGCTGATGGCTGTAAAACAAGAAACCTTTGACCAGCCTACTGAAGCGGCTGCGACTGAAGAGACACTCATTGCTGGCACCACAGAAGTTCTTGTGGATGACTCAGCATTAACTGATGATGATGCGCCTTCAAAGTCTCCAACTGAAGAGCCATCATCTCCCCCTCGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790899.1
MWDAIHDVFAVIRDYLSAHGFDCMDPAGNLKLMAVKQETFDQPTEAAATEETLIAGTTEVLVDDSALTDDDAPSKSPTEEPSSPPRSSTPEGHIESLDPESPRSPPPKSPSPSPEEVNYTLAIIPTIFAATGDAFTLSNKDTSTPESNQPQVVPKEAGSETDVFRMEIDAPTDIPTADAEEMVVDIPAPDVTPSTKTLARTPNVTPVAEPETGVEKPQTKAMVIDDIAVTQESTEVPQQTTDVPDAATEASTEASTKELK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器