Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000781`

染色体: Chr02 坐标: 12835022-12836929 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000781`
名称	SmilChr02G000781
描述	uncharacterized SmilChr02G000781
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	12835022 - 12836929 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008013`
GeneID	`131008013`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008013`
原始查询	`LOC131008013`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=28.4; qcov=0.655; evalue=2.89e-37; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=28.3; qcov=0.88; evalue=3.63e-68; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008013

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790901.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057790901.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057790901.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790901.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790901.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:12835063`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	C2,C40
`Chr2:12835063`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C2,C40
`Chr2:12835120`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B88,C61,C72
`Chr2:12835130`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr2:12835153`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	39	A14,A25,A6,B10,B107,B109,B135,B138,B34,B37,B40,B41,B52,B59,B61,B64,B8,B86,B90,B94,B97,C12,C24,C26,C28,C3,C31,C40,C50,C51,C56,C59,C61,C64,C77,C78,C84,C87,D9
`Chr2:12835168`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	41	A14,A25,A6,B10,B107,B109,B135,B138,B34,B37,B40,B41,B52,B59,B61,B64,B8,B83,B86,B90,B94,B97,C12,C22,C24,C26,C28,C3,C31,C40,C50,C51,C56,C59,C61,C64,C77,C78,C84,C87,D9
`Chr2:12835185`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B119,C51,D9
`Chr2:12835185`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B119,C51,D9
`Chr2:12835205`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B50,B66,C45,C56,C65
`Chr2:12835207`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	A22,B29,B37,B5,B6,B97,C30,C63
`Chr2:12835226`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B30,D9
`Chr2:12835236`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C56,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790901.1

635 aa

318

635

RVT_1

PF00078 RVT_1 447-592 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790901.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	447	592	7.5e-17	62.6	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934918.1
ATGACGCCTCGTCATCACAATTGCAGACTTCCCAGATGTTCTAACATCTGGCTTTTAGCTCAGCCTTCGGTGGTCACAAACAACATTTTTTCTTCGAATCAAATGGTGGTCGCTAGTTGTACTTGGGGCTCTCATAATTTCAGGATTGTGATTGTTCATGGAGCCAATGACATGGTGCTGCGTCGTCAGCTTTGGCATGATCTTATGGTCTTTGCAGATGGGAAAACGGTCTTCATTAGGGACTTCAATGCTGTTAGGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008013
ATGACGCCTCGTCATCACAATTGCAGACTTCCCAGATGTTCTAACATCTGGCTTTTAGCTCAGCCTTCGGTGGTCACAAACAACATTTTTTCTTCGAATCAAATGGTGGTCGCTAGTTGTACTTGGGGCTCTCATAATTTCAGGATTGTGATTGTTCATGGAGCCAATGACATGGTGCTGCGTCGTCAGCTTTGGCATGATCTTATGGTCTTTGCAGATGGGAAAACGGTCTTCATTAGGGACTTCAATGCTGTTAGGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790901.1
MTPRHHNCRLPRCSNIWLLAQPSVVTNNIFSSNQMVVASCTWGSHNFRIVIVHGANDMVLRRQLWHDLMVFADGKTVFIRDFNAVRGAHERVSTATPNRSSCQEFCDFIDETKFVESPSMGVRMTWSGRRFLPRHIESRLDRALFSTEFAASWTDINTHALPRVTSDHSPLIFQCRLDIPPGRRSLKFFNMWLLHPEFQEMVSNSWSIEMETRCLIYCVMVKLRRLRGELRTWNKDVFGHVDIQISDHQWQLSKVQNSIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器