Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G002294`

染色体: Chr01 坐标: 39776189-39776968 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G002294`
名称	SmilChr01G002294
描述	glutathione S-transferase T2-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	39776189 - 39776968 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008022`
GeneID	`131008022`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008022`
原始查询	`LOC131008022`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutathione S-transferase T2-like
产物	glutathione S-transferase T2-like
Arabidopsis	`AT3G47680` (AT3G47680) DNA binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823922] identity=26.1; qcov=0.931; evalue=1.6e-10; confidence=low
Rice	`Os08g0561000` (P0604E01.25) - identity=27; qcov=0.672; evalue=2.47e-09; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14303 (NAM-associated)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008022

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790911.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790911.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790911.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790911.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057790911.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:39776251`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr1:39776259`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B117,B55,B86,C53
`Chr1:39776276`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B135,B140
`Chr1:39776282`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B3,C74,D8
`Chr1:39776323`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B31,B67,B90,C79
`Chr1:39776324`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B90,C39,D3
`Chr1:39776335`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	16	B1,B109,B122,B128,B13,B2,B36,B59,B71,B91,C17,C38,C66,C70,C79,C8
`Chr1:39776352`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B82,C34
`Chr1:39776357`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C31
`Chr1:39776425`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	45	A25,A7,B1,B112,B115,B12,B121,B13,B131,B134,B14,B15,B18,B21,B22,B24,B26,B27,B30,B32,B4,B47,B48,B50,B51,B61,B67,B70,B79,B82,B87,C19,C29,C31,C42,C49,C50,C52,C57,C64,C66,C70,C83,D11,D9
`Chr1:39776448`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr1:39776455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B96,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790911.1

259 aa

130

259

NAM-associated

PF14303 NAM-associated 104-234 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790911.1`	Pfam	`PF14303`	NAM-associated	Family	104	234	1.8e-06	29.6	No apical meristem-associated C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934928.1
ATGTCATCTTGGATCTATGCTAGCGAAGATAGCGTTCGAGGAAAAAGTCAAAGAGGAGAATCGCTTTGGGCACGTATTCATAAATTGTATCACAACACTCAAGCAGAAAATCCAAATGAGCTCAATGAACGCAACATTGAATCGATGAAAGGTCGCTGGAAACGTCTTAACAAAAATGGAAACAAATGGGTTGCTGTTTGTAGGGAAGCAAATGCTCGAAGAAGGAGTGGAATGAGCGACAATGATGTTGAGAAAGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008022
ATGTCATCTTGGATCTATGCTAGCGAAGATAGCGTTCGAGGAAAAAGTCAAAGAGGAGAATCGCTTTGGGCACGTATTCATAAATTGTATCACAACACTCAAGCAGAAAATCCAAATGAGCTCAATGAACGCAACATTGAATCGATGAAAGGTCGCTGGAAACGTCTTAACAAAAATGGAAACAAATGGGTTGCTGTTTGTAGGGAAGCAAATGCTCGAAGAAGGAGTGGAATGAGCGACAATGATGTTGAGAAAGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790911.1
MSSWIYASEDSVRGKSQRGESLWARIHKLYHNTQAENPNELNERNIESMKGRWKRLNKNGNKWVAVCREANARRRSGMSDNDVEKEAHSIYEAGGNKLVVFNEVMSKHPKWNVHDTTHVFHRQSEDVDDQQSGGSSKRSKTSEDGGFSISSNPETPTSEQSIATRPTGRDKAKRKGKVKVSQSECTHESVVAVEIHAMRLTIDVEAELIKTRIELEREKLQRNAMKMKENMLLQLLAKEHLSPEDEEMKRQLTKIVFGE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器