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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000861`

染色体: Chr02 坐标: 14785415-14786777 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000861`
名称	SmilChr02G000861
描述	uncharacterized SmilChr02G000861
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	14785415 - 14786777 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008033`
GeneID	`131008033`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008033`
原始查询	`LOC131008033`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=ATMG00750; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	hit=ATMG00750; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`ATMG00750` - identity=33.7; qcov=0.228; evalue=6.59e-06; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3); PF17921 (Integrase_H2C2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008033

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057790920.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057790920.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057790920.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057790920.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790920.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:14785425`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C24
`Chr2:14785425`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C24
`Chr2:14785468`	`G`	`GCC`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B20,C24,C28,C31,C82
`Chr2:14785468`	`G`	`GCC`	2bp_insertion	CDS_variant	5	B20,C24,C28,C31,C82
`Chr2:14785471`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B20,C24,C28,C31,C82
`Chr2:14785471`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B20,C24,C28,C31,C82
`Chr2:14785473`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B112,B135,B76,C53
`Chr2:14785477`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:14785482`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B32,B35,C23
`Chr2:14785484`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	A1,A23,B70,B76,B98,C55
`Chr2:14785486`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B88,C24,C32,C67
`Chr2:14785493`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790920.1

390 aa

195

390

RVT_3

Integrase_H2C2

PF13456 RVT_3 47-152 aa PF17921 Integrase_H2C2 223-273 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790920.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	47	152	5.8e-12	46.3	Reverse transcriptase-like
`XP_057790920.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	223	273	1.9e-10	41.4	Integrase zinc binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934937.1
ATGGTGAAATGGGCAATCGAATTAAGTGAGTATGATGTGGACTTCGAATCAAGGACAACGATCAAGGCGCAGGCCTTAGCAGATTTTGTACAAGAAACCACCGGGTCTAAAAAACAAAAACCTTGGTTGGCAGCGGTGGACGGGTCAGTAACCAAGGAAGGATGTGGTGTTGGCATTCACATTCAAACATCAATGGATGACAGCTTGCAATTTGCTATCAAGTATGAGCAACGACTATCTAATAACGAAGTGGAATATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008033
ATGGTGAAATGGGCAATCGAATTAAGTGAGTATGATGTGGACTTCGAATCAAGGACAACGATCAAGGCGCAGGCCTTAGCAGATTTTGTACAAGAAACCACCGGGTCTAAAAAACAAAAACCTTGGTTGGCAGCGGTGGACGGGTCAGTAACCAAGGAAGGATGTGGTGTTGGCATTCACATTCAAACATCAATGGATGACAGCTTGCAATTTGCTATCAAGTATGAGCAACGACTATCTAATAACGAAGTGGAATATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790920.1
MVKWAIELSEYDVDFESRTTIKAQALADFVQETTGSKKQKPWLAAVDGSVTKEGCGVGIHIQTSMDDSLQFAIKYEQRLSNNEVEYEAVIKALTILAELGAESVHVKSNSQLVVQQLLGEYDVREERIAAYHVHALELMTKFQDCHIEQPNQEGKQQVLSVEIREDWRTLIIHFLKTGERLDPVVSQCYLYGRYRLINEQLNKRSFTRPLLKCLSPKGAQFAISKIHQGCCGNHAGYKDLKRKIVRAGFYWPTMGEDAKD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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