当前解析结果
SmilChr02G000887| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000887 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000887 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G000887 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 15279211 - 15279675 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131008045 |
|---|---|
| GeneID | 131008045 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008045 |
| 原始查询 | LOC131008045 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008045 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057790930.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057790930.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790930.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790930.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057790930.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:15279265 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr2:15279270 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B12,C32,C68,C74 |
Chr2:15279287 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,C30 |
Chr2:15279290 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B76,C39 |
Chr2:15279304 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B123,B14,B44 |
Chr2:15279351 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B90 |
Chr2:15279360 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 25 | A6,A7,B119,B12,B137,B16,B18,B24,B34,B50,B56,B6,B64,B68,C14,C25,C34,C55,C57,C63,C64,C66,C7,C73,D1 |
Chr2:15279393 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B33,B46,B82,C60 |
Chr2:15279396 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:15279426 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr2:15279430 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:15279518 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,B93 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790930.1PF31073
DUF8803 78-138 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790930.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 78 | 138 | 5.3e-08 | 33.3 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。