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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000903

染色体: Chr02 坐标: 15541002-15567771 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000903
名称SmilChr02G000903
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向15541002 - 15567771 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008048
GeneID131008048
locus_tag-
NCBI NameLOC131008048
原始查询LOC131008048

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=37.7; qcov=0.806; evalue=0; confidence=medium
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=39.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008048

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057790934.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790934.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790934.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790934.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057790934.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:15542846 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C85
Chr2:15543318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:15543351 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B28
Chr2:15543351 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr2:15543361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:15543401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr2:15543471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr2:15543491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr2:15543602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B4,C11,C83,D5
Chr2:15543653 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B30,B82
Chr2:15543757 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:15543857 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790934.1
1159 aa
N
1
580
1159
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 29-70 aa PF00560 LRR_1 147-169 aa PF13855 LRR_8 147-206 aa PF00560 LRR_1 171-193 aa PF00560 LRR_1 269-290 aa PF00560 LRR_1 341-363 aa PF00560 LRR_1 390-411 aa PF13855 LRR_8 441-498 aa PF00560 LRR_1 463-485 aa PF00560 LRR_1 567-589 aa PF13855 LRR_8 567-626 aa PF00560 LRR_1 591-613 aa PF00560 LRR_1 615-636 aa PF00560 LRR_1 664-685 aa PF00560 LRR_1 690-709 aa PF00560 LRR_1 735-757 aa PF00069 Pkinase 878-1147 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 881-1145 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790934.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 29 70 2.9e-09 37.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057790934.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 147 169 9.4e-58 180.3 Leucine Rich Repeat
XP_057790934.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 147 206 4.4e-48 161.6 Leucine rich repeat
XP_057790934.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 171 193 9.4e-58 180.3 Leucine Rich Repeat
XP_057790934.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 269 290 9.4e-58 180.3 Leucine Rich Repeat
XP_057790934.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 341 363 9.4e-58 180.3 Leucine Rich Repeat
XP_057790934.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 390 411 9.4e-58 180.3 Leucine Rich Repeat
XP_057790934.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 441 498 4.4e-48 161.6 Leucine rich repeat
XP_057790934.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 463 485 9.4e-58 180.3 Leucine Rich Repeat
XP_057790934.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 567 589 9.4e-58 180.3 Leucine Rich Repeat
XP_057790934.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 567 626 4.4e-48 161.6 Leucine rich repeat
XP_057790934.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 591 613 9.4e-58 180.3 Leucine Rich Repeat
XP_057790934.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 615 636 9.4e-58 180.3 Leucine Rich Repeat
XP_057790934.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 664 685 9.4e-58 180.3 Leucine Rich Repeat
XP_057790934.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 690 709 9.4e-58 180.3 Leucine Rich Repeat
XP_057790934.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 735 757 9.4e-58 180.3 Leucine Rich Repeat
XP_057790934.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 878 1147 7.9e-42 144.2 Protein kinase domain
XP_057790934.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 881 1145 4.4e-39 135.1 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934951.1
ACCTTCCAATTTGCAGCCATGGAGAAAAAGTTTTATTACATTTTTGCATATGCAGTCCTCACCATAATAACCTTCCCAATGCCTCCTTGTGCAATGAGCCTTGCCACTGATCAAGCTGCCCTTCTTGCCTTAAAAATGCGCATAACCTCAGACCCTTTCCGTATGCTTGCAACAAATTGGAGCAATAACTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGTTTGCCACACCAAAGAGTAACAGCCTTGAATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008048
ATGGAGAAAAAGTTTTATTACATTTTTGCATATGCAGTCCTCACCATAATAACCTTCCCAATGCCTCCTTGTGCAATGAGCCTTGCCACTGATCAAGCTGCCCTTCTTGCCTTAAAAATGCGCATAACCTCAGACCCTTTCCGTATGCTTGCAACAAATTGGAGCAATAACTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGTTTGCCACACCAAAGAGTAACAGCCTTGAATCTCTCTTTCATGAATCTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790934.1
MEKKFYYIFAYAVLTIITFPMPPCAMSLATDQAALLALKMRITSDPFRMLATNWSNNSSSVCSWIGVTCSLPHQRVTALNLSFMNLVGTIPPQLGRLSFLVTLDLTSNLFSGILPYELSLLRRLEFISLALNNFTGAFPPVLSQLSKLEYLVLDNNSFTGSIPKSISNLTNLQVLSLYANSLSGEIPEELGRLGSLQDLEVEYNGLSGGIPSAIFNISTLQYIAFTYNELSGSLPPDMCSNLPFLAGIFLTGNELSGEIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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