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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000281

染色体: Chr01 坐标: 5521374-5522027 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000281
名称SmilChr01G000281
描述uncharacterized SmilChr01G000281
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向5521374 - 5522027 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008060
GeneID131008060
locus_tag-
NCBI NameLOC131008060
原始查询LOC131008060

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008060

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790966.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057790966.1
3 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057790966.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057790966.1
5 Nuclear speckle 核斑点 0.20000 XP_057790966.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:5521395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr1:5521458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr1:5521466 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A20,B121,B25,B5,B51,B72,C17,C27
Chr1:5521485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr1:5521500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B27,C43,D8
Chr1:5521503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:5521507 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 6 B5,B51,B72,C17,C32,C59
Chr1:5521515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C60
Chr1:5521522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr1:5521534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B29,B41,B49,B50
Chr1:5521553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr1:5521562 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B9,C15,C31,C38,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934983.1
ATGCTCAACCAGCAGGGCACTGAACTCCCACCTCACGCTGCTCTGGAAGTAAACGAACAATTTGCCAGTAAACAACCCGCACTACCGAAAGAAACACATAAATTCCCCACTGAAAAAGAACCGGAGAGGAGGCCGGAAGGGAGCCGCACAGTGCTGCATAGCATTGTCCGAATGGAGGAGGTGGATGAGTCTGATAGTCGTTCCATTACTCCTATTTTCGAAGAGGAAAGACCAAGGGAAAATGCAAAGCTGAAAAACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008060
ATGCTCAACCAGCAGGGCACTGAACTCCCACCTCACGCTGCTCTGGAAGTAAACGAACAATTTGCCAGTAAACAACCCGCACTACCGAAAGAAACACATAAATTCCCCACTGAAAAAGAACCGGAGAGGAGGCCGGAAGGGAGCCGCACAGTGCTGCATAGCATTGTCCGAATGGAGGAGGTGGATGAGTCTGATAGTCGTTCCATTACTCCTATTTTCGAAGAGGAAAGACCAAGGGAAAATGCAAAGCTGAAAAACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790966.1
MLNQQGTELPPHAALEVNEQFASKQPALPKETHKFPTEKEPERRPEGSRTVLHSIVRMEEVDESDSRSITPIFEEERPRENAKLKNQVSQLKNQLKDLEDTLREKSQRVEKAQRSERSRRAEKSYQSEKSRQTERSEEREQEYTSGSRGHKGHKCHHIHDSPRDRKKQGKYKGEKRAKTSKVKTTTSQSPFYADILADTLPRSYKPISLDYDGTTDP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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