Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000963`

染色体: Chr02 坐标: 16785271-16786344 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000963`
名称	SmilChr02G000963
描述	uncharacterized SmilChr02G000963
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	16785271 - 16786344 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008066`
GeneID	`131008066`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008066`
原始查询	`LOC131008066`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03732 (PEG10_N-capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008066

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790950.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057790950.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057790950.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790950.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790950.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:16785321`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B11,B111,B135
`Chr2:16785331`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B136,B55
`Chr2:16785341`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B137,B28,C36
`Chr2:16785388`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	23	A13,A14,A18,A23,A24,A9,B103,B106,B118,B136,B3,B40,B52,B55,B71,B98,C51,C53,C61,C62,C71,C77,D1
`Chr2:16785396`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	A19,B122,B123,B6,B73,C77,C82
`Chr2:16785401`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	7	A19,B122,B123,B6,B73,C77,C82
`Chr2:16785421`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	A19,B122,B123,B6,B73,C77,C82,D10
`Chr2:16785450`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,C83
`Chr2:16785466`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B108
`Chr2:16785466`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B108
`Chr2:16785469`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:16785471`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790950.1

357 aa

178

357

PEG10_N-capsid

PF03732 PEG10_N-capsid 29-95 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790950.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	29	95	1.1e-11	45.6	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934967.1
ATGATACCCCGGCTCAATGGTAGCCCCTTTTCTAACGAAATTTTGCTAGAGCCATTTCCTGTCAACTACAGACCAATATCACTAGATTATGATGGGACGGCGGACCCAAAGGAGCATATGGCATGGTTTGAGGGATTAGTTGCGTTACATCAGTATGCTGAAGGCATCAAATGCCGGATCTTTGTCACCACACTTTCTGGGGTTGCCCAGCGCTGGTTTCGTAATTTGAAGGCTGATTCTATTCACTCTTTTGGAGATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008066
ATGATACCCCGGCTCAATGGTAGCCCCTTTTCTAACGAAATTTTGCTAGAGCCATTTCCTGTCAACTACAGACCAATATCACTAGATTATGATGGGACGGCGGACCCAAAGGAGCATATGGCATGGTTTGAGGGATTAGTTGCGTTACATCAGTATGCTGAAGGCATCAAATGCCGGATCTTTGTCACCACACTTTCTGGGGTTGCCCAGCGCTGGTTTCGTAATTTGAAGGCTGATTCTATTCACTCTTTTGGAGATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790950.1
MIPRLNGSPFSNEILLEPFPVNYRPISLDYDGTADPKEHMAWFEGLVALHQYAEGIKCRIFVTTLSGVAQRWFRNLKADSIHSFGDLYLTFMRQFANATQVKKTVMSLMDIMQEAHETLREYIARFNVIALDVLDVESQIKGYAFVKGLKPGPLFDRLLITPPRDFDDIMAVLPGYLQLEDAKAAWKAESDKHRSKKSDNNTEHNDRHYQRAPYKGLPPRIPTMSIEMQSTPPRAARDEGEGRDGEDMRRRTPLNRHVEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器