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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000977

染色体: Chr02 坐标: 17070304-17071308 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000977
名称SmilChr02G000977
描述uncharacterized SmilChr02G000977
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向17070304 - 17071308 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008070
GeneID131008070
locus_tag-
NCBI NameLOC131008070
原始查询LOC131008070

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008070

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790954.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790954.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057790954.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057790954.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790954.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:17070381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B37,C8
Chr2:17070383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr2:17070443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr2:17070459 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B86
Chr2:17070517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C56,C65
Chr2:17070539 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr2:17070569 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B73
Chr2:17070574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr2:17070688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:17070689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr2:17070701 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:17070735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B17,B73,C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934971.1
ATGTCTGAAGATGGGGACGATGACCGTGATGATATTCTGCCACTACCACCACCATTGATAAGAGAGTTGGGCCGCCACAGGATAAATCATCCTCTATGCATTGTGTTGCCCACAATTAATCAAAATGCTGAAATCAAGCCCGATTTCATTCAAGTGCTACCCAAGTTTGGTGATCTACCTGGAGAGAGTGCACACAAGCATCTGGCTGAATTTGATTTAGTTTGCACTACGTTACGTCCTCAAGGTTTTACAGAAGATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008070
ATGTCTGAAGATGGGGACGATGACCGTGATGATATTCTGCCACTACCACCACCATTGATAAGAGAGTTGGGCCGCCACAGGATAAATCATCCTCTATGCATTGTGTTGCCCACAATTAATCAAAATGCTGAAATCAAGCCCGATTTCATTCAAGTGCTACCCAAGTTTGGTGATCTACCTGGAGAGAGTGCACACAAGCATCTGGCTGAATTTGATTTAGTTTGCACTACGTTACGTCCTCAAGGTTTTACAGAAGATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790954.1
MSEDGDDDRDDILPLPPPLIRELGRHRINHPLCIVLPTINQNAEIKPDFIQVLPKFGDLPGESAHKHLAEFDLVCTTLRPQGFTEDHLRLLTFPHKLQGGTRDWLFDLSSRSIRTWNDLEEQFLRKFFPESKAANLRISISSIKQRQQECLPDYWERFQQLCHRCPNHGFSDYQLLINYFYRGMSSFDRRIVDAACGGSLTNKTVDEAKQLIFNMVSNGQQYEDEDDDRYRSVNRAEDACVNEKLDALTSLVRGFVGAQI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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