Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000979`

染色体: Chr02 坐标: 17172833-17173870 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000979`
名称	SmilChr02G000979
描述	uncharacterized SmilChr02G000979
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	17172833 - 17173870 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008071`
GeneID	`131008071`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008071`
原始查询	`LOC131008071`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=30.3; qcov=0.823; evalue=2.49e-33; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=29.6; qcov=1; evalue=5.56e-37; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008071

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790955.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057790955.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057790955.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790955.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790955.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:17172868`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B73,B91,C47,C78
`Chr2:17172876`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,D9
`Chr2:17172879`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	38	A10,A14,A15,A19,A21,A9,B105,B110,B112,B119,B123,B133,B135,B137,B138,B140,B21,B30,B31,B45,B50,B60,B62,B64,B71,B81,B87,B88,C17,C20,C22,C61,C64,C66,C86,C9,D10,D5
`Chr2:17172931`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr2:17172937`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,C79
`Chr2:17172938`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B64,C4,C70,C85
`Chr2:17172941`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,D6
`Chr2:17172945`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,B7
`Chr2:17172968`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B68,B75,C4
`Chr2:17172971`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B68,B75,C4
`Chr2:17172971`	`G`	`GT`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B68,B75,C4
`Chr2:17172983`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C36,C56,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790955.1

345 aa

172

345

RVT_1

PF00078 RVT_1 257-343 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057790955.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	257	343	4.3e-08	34.0	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934972.1
ATGTGGTTGACTCATCAGGATTTTCGGGAGTTTGTGAAAGCTTCCTGGCATGCGAATATTAGCATTAATTGTCCTCTTTTGAAGGTGATGGTGAAACTGAAAAGGCTGCGCTCGAGTCTTAAAAGCTGGAACAAAGAGGTCTTTGGGCACGTGGATGTGGATATCAATCAGATGCAGATGGATTTGGAGAGGATTCAAACAAGAATTTCGACTGAAGGCTACTCGGACACTCTTTTTGACGAAGAAGTGGAGGCTCAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008071
ATGTGGTTGACTCATCAGGATTTTCGGGAGTTTGTGAAAGCTTCCTGGCATGCGAATATTAGCATTAATTGTCCTCTTTTGAAGGTGATGGTGAAACTGAAAAGGCTGCGCTCGAGTCTTAAAAGCTGGAACAAAGAGGTCTTTGGGCACGTGGATGTGGATATCAATCAGATGCAGATGGATTTGGAGAGGATTCAAACAAGAATTTCGACTGAAGGCTACTCGGACACTCTTTTTGACGAAGAAGTGGAGGCTCAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790955.1
MWLTHQDFREFVKASWHANISINCPLLKVMVKLKRLRSSLKSWNKEVFGHVDVDINQMQMDLERIQTRISTEGYSDTLFDEEVEAQARLSTKLLRKDLLLKQKSRIRWLNDGDRNTSFFHNSIKARKKQLHIPQLRIDGTDSYDQDEIAAHIVRYFSNLFADSTGNAVTTDDVRYLVNTTVSQAQNNLLTCIPMDEEIKAAVFELGGDSAAGPDGFTWVFFQHCWEIIKADICLAVRTFFNKNYLPHGLNSNTLILIPKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器