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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001027

染色体: Chr02 坐标: 18190439-18191095 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001027
名称SmilChr02G001027
描述uncharacterized SmilChr02G001027
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向18190439 - 18191095 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008086
GeneID131008086
locus_tag-
NCBI NameLOC131008086
原始查询LOC131008086

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008086

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057790970.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057790970.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790970.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790970.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790970.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:18190525 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 26 A24,B1,B100,B111,B119,B139,B23,B30,B34,B39,B41,B58,B61,B63,B7,B70,B81,B91,B97,C15,C25,C4,C62,C71,C76,C80
Chr2:18190527 GGA G 2bp_deletion frameshift_variant 27 A24,B1,B100,B111,B119,B139,B23,B30,B34,B38,B39,B41,B58,B61,B63,B7,B70,B81,B91,B97,C15,C25,C4,C62,C71,C76,C80
Chr2:18190533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B72
Chr2:18190543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C10,C49,C76
Chr2:18190545 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C10,C49,C76
Chr2:18190548 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 2 B28,B72
Chr2:18190548 GCA G 2bp_deletion CDS_variant 2 B28,B72
Chr2:18190549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B53,B54,B71,C15
Chr2:18190573 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B72
Chr2:18190581 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 29 A14,A24,B1,B111,B119,B139,B22,B23,B30,B34,B37,B38,B39,B41,B58,B61,B63,B7,B70,B81,B91,B95,B97,C15,C25,C4,C62,C76,C80
Chr2:18190601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C56,C77
Chr2:18190636 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B28,B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934987.1
ATGGTGCAGCAAAACCAGTATGGAAGAAAAGCCGTGGAGGACCCTAATGCGCACCTGGCGCAATTCCTGGAGCTCTACAGCACTGTTAAGATAAATGGAGTCCCTGATGACATTATACGACTCCACCTCTTTCCATTCTCACTCCGGGATAAGGCAAAGTCATGGTATCAAACTCTACAGCTGGGAGCCAATCCAGTATGGAGGGATTTGGTGGATCTTTTCCTGCGAAAAATGTTCATGGACACAGTTGCAGGTGGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008086
ATGGTGCAGCAAAACCAGTATGGAAGAAAAGCCGTGGAGGACCCTAATGCGCACCTGGCGCAATTCCTGGAGCTCTACAGCACTGTTAAGATAAATGGAGTCCCTGATGACATTATACGACTCCACCTCTTTCCATTCTCACTCCGGGATAAGGCAAAGTCATGGTATCAAACTCTACAGCTGGGAGCCAATCCAGTATGGAGGGATTTGGTGGATCTTTTCCTGCGAAAAATGTTCATGGACACAGTTGCAGGTGGATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790970.1
MVQQNQYGRKAVEDPNAHLAQFLELYSTVKINGVPDDIIRLHLFPFSLRDKAKSWYQTLQLGANPVWRDLVDLFLRKMFMDTVAGGSLLKNGSSEAMEIIESMATTCYQWPSERVQLKKAAAVSSSDPLTLFATQITELTSKINTLTTARSVGFVY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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