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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001125

染色体: Chr02 坐标: 20402546-20405128 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001125
名称SmilChr02G001125
描述endoglucanase 5-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向20402546 - 20405128 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008113
GeneID131008113
locus_tag-
NCBI NameLOC131008113
原始查询LOC131008113

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述endoglucanase 5-like
产物endoglucanase 5-like
ArabidopsisAT2G32990 (GH9B8)
glycosyl hydrolase 9B8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817861]
identity=67.5; qcov=0.903; evalue=7.88e-139; confidence=high
RiceOs02g0151300 (OsGH9B7)
-
identity=70.6; qcov=0.903; evalue=1.52e-137; confidence=high
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGG-
PfamPF00759 (Glyco_hydro_9)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008113

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057790994.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057790994.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790994.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790994.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790994.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:20402713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B126
Chr2:20402947 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C55
Chr2:20403115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B136,B55
Chr2:20403145 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B9,C26
Chr2:20403151 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr2:20403199 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr2:20403247 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B137
Chr2:20403280 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 2 C17,C9
Chr2:20403280 A AAT 2bp_insertion CDS_variant 2 C17,C9
Chr2:20403355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B19,B37,B6,C63
Chr2:20403363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr2:20403412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790994.1
320 aa
N
1
160
320
Glyco_hydro_9
Glyco_hydro_9
C
PF00759 Glyco_hydro_9 25-203 aa PF00759 Glyco_hydro_9 225-310 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790994.1 Pfam PF00759 Glyco_hydro_9 Repeat 25 203 2e-100 337.8 Glycosyl hydrolase family 9
XP_057790994.1 Pfam PF00759 Glyco_hydro_9 Repeat 225 310 2e-100 337.8 Glycosyl hydrolase family 9

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935011.1
ATGGCAGCATACACCTCTTTAGTGTTGGTGGTGTCAATCCTCAGTGGTGTCCCGTTTTCCGAATCCTTGGACTACGGGGACGCCCTCTCGAAGAGCCTCCTCTACTTTGAGGCGCAGCGCTCTGGCCGCCTCCCTCATAAGCAGAGAGTGAGGTGGCGCGACCACTCGGGCCTTCTTGATGGCCTTGACCAAGGGGTGGACTTGGTGGGGGGCTACTACGACGCCGGTGACAATGTGAAGTTTGGGCTGCCAATGGCCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008113
ATGGCAGCATACACCTCTTTAGTGTTGGTGGTGTCAATCCTCAGTGGTGTCCCGTTTTCCGAATCCTTGGACTACGGGGACGCCCTCTCGAAGAGCCTCCTCTACTTTGAGGCGCAGCGCTCTGGCCGCCTCCCTCATAAGCAGAGAGTGAGGTGGCGCGACCACTCGGGCCTTCTTGATGGCCTTGACCAAGGGGTGGACTTGGTGGGGGGCTACTACGACGCCGGTGACAATGTGAAGTTTGGGCTGCCAATGGCCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790994.1
MAAYTSLVLVVSILSGVPFSESLDYGDALSKSLLYFEAQRSGRLPHKQRVRWRDHSGLLDGLDQGVDLVGGYYDAGDNVKFGLPMAYTITLLSWSVVEYGDEIGAAGELDHAHEAIKWGTDYFIKAHPHPHVLWAQVGDGETDHLCWQRPEDMTTSRRAYKVDEENPGTEVAAETAAAMAAASIVFSTTNPPYSRLLLEHALQVDLMIFETCVLKSFRMIIICLQLFEFGEKFRGRYDESIEVVKGYYPSASGYKDELLW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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