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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001154`

染色体: Chr02 坐标: 21009999-21013963 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001154`
名称	SmilChr02G001154
描述	uncharacterized SmilChr02G001154
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	21009999 - 21013963 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008120`
GeneID	`131008120`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008120`
原始查询	`LOC131008120`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT5G51080` (AT5G51080) RNase H family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835181] identity=31.9; qcov=0.078; evalue=3.63e-07; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=28.2; qcov=0.235; evalue=6.97e-33; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF31073 (DUF8803)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008120

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057791001.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057791001.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057791001.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791001.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791001.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:21010013`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B71,C32
`Chr2:21010054`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,B50
`Chr2:21010085`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A3,B28
`Chr2:21010093`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B17,C44
`Chr2:21010093`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B17,C44
`Chr2:21010094`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	94	A1,A13,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B10,B101,B105,B106,B108,B114,B117,B118,B119,B12,B128,B132,B135,B15,B16,B17,B18,B21,B22,B26,B28,B32,B35,B45,B46,B48,B50,B53,B54,B57,B63,B64,B65,B68,B71,B73,B78,B8,B82,B83,B86,B87,B88,B89,B90,B93,B94,B99,C13,C18,C2,C21,C27,C3,C32,C33,C35,C36,C39,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C48,C49,C50,C52,C55,C58,C59,C61,C66,C68,C71,C74,C80,C81,C83,C87,D11,D2,D3,D5,D8
`Chr2:21010102`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B17,B37,B39
`Chr2:21010129`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C43,D8
`Chr2:21010131`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr2:21010142`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B13
`Chr2:21010144`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B13,B17,B94,D7
`Chr2:21010161`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B136,B37,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791001.1

1160 aa

580

1160

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RVT_3

rve

DUF8803

PF00078 RVT_1 313-424 aa PF17919 RT_RNaseH_2 470-568 aa PF17917 RT_RNaseH 498-597 aa PF13456 RVT_3 638-751 aa PF00665 rve 884-965 aa PF31073 DUF8803 1089-1129 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791001.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	313	424	2.7e-22	80.4	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057791001.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	470	568	3.4e-19	69.5	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057791001.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	498	597	1.7e-14	54.5	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057791001.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	638	751	2.5e-12	47.5	Reverse transcriptase-like
`XP_057791001.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	884	965	7.8e-16	58.9	Integrase core domain
`XP_057791001.1`	Pfam	`PF31073`	DUF8803	Domain	1089	1129	1.8e-12	47.6	Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935018.1
ATGATTTGTGGAGAGAATGGGACGCCCACATCAAATAGGGCTAAGAAACAAGTGGTCAGAGCAGTGAAGTCAGGATACTACCACAAGCAGGTTATGGAAGTTACAACCGCGGCAGAAGAGCCGATGATCACCTTTGGGGCAGAGGATCTACGTACACTAATGTACCCGCACGATGATGCACTGGTTATTATGGCGGATATTGCCGGCTGTATCGTTCACCGTGTTTTCGTAGACTCAGGCAGCGCGGTGAATATCTTATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008120
ATGATTTGTGGAGAGAATGGGACGCCCACATCAAATAGGGCTAAGAAACAAGTGGTCAGAGCAGTGAAGTCAGGATACTACCACAAGCAGGTTATGGAAGTTACAACCGCGGCAGAAGAGCCGATGATCACCTTTGGGGCAGAGGATCTACGTACACTAATGTACCCGCACGATGATGCACTGGTTATTATGGCGGATATTGCCGGCTGTATCGTTCACCGTGTTTTCGTAGACTCAGGCAGCGCGGTGAATATCTTATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791001.1
MICGENGTPTSNRAKKQVVRAVKSGYYHKQVMEVTTAAEEPMITFGAEDLRTLMYPHDDALVIMADIAGCIVHRVFVDSGSAVNILYWECLQNMGIDVHIEPTNAPLFGFGGEMVMPLGYVELPLNLGTTAANSKTRMVRFLVVDMPKPSYNVILGRPALMAFRAKRERVTEGLDTRKKGKVGEVNASAEERQELADVLKDRDSTEKTALVSTSDVCNMIELFPGKEGFQTKIGSSMSDQVRDELIICLRRNADVFAFST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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