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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G002370

染色体: Chr01 坐标: 40886415-40886816 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G002370
名称SmilChr01G002370
描述uncharacterized SmilChr01G002370
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向40886415 - 40886816 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008137
GeneID131008137
locus_tag-
NCBI NameLOC131008137
原始查询LOC131008137

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815897]; symbol=AT2G14110; hit=AT2G14110; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815897]; symbol=AT2G14110; hit=AT2G14110; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G14110 (AT2G14110)
Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815897]
identity=80; qcov=0.639; evalue=7.25e-49; confidence=medium
RiceOs03g0737400 (OSJNBb0016H12.23)
-
identity=75.3; qcov=0.639; evalue=2.64e-46; confidence=medium
GOGO:0003993 (acid phosphatase activity)
KEGG-
PfamPF12689 (Acid_PPase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008137

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057791017.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057791017.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057791017.1
4 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057791017.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791017.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:40886556 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr1:40886574 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr1:40886747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791017.1
133 aa
N
1
66
133
Acid_PPase
Acid_PPase
C
PF12689 Acid_PPase 10-31 aa PF12689 Acid_PPase 37-86 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791017.1 Pfam PF12689 Acid_PPase Family 10 31 1.6e-17 64.6 Acid Phosphatase
XP_057791017.1 Pfam PF12689 Acid_PPase Family 37 86 1.6e-17 64.6 Acid Phosphatase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935034.1
ATGGAGATTATGGGTCTGTTTCAGTTGCTGCCTCGCCTCGTCGTCTTCGATCTCGATTATACTCTCTGGCCTTTCTACTGCGAATGTCGGTCGAAACGGGATATGCCGAGAGTGTATCCTCATGCCAAGGGCATTCTCTACGCCCTCAAGGATAAAGGTGTTAAGATTGCAATTGCCTCAAGATCACCAACTCCTGATATAGCTAACACTTTTCTTGATAAATTGGGGATAAAATCATTGTTTGTTGCTCAGGAGCGGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008137
ATGGAGATTATGGGTCTGTTTCAGTTGCTGCCTCGCCTCGTCGTCTTCGATCTCGATTATACTCTCTGGCCTTTCTACTGCGAATGTCGGTCGAAACGGGATATGCCGAGAGTGTATCCTCATGCCAAGGGCATTCTCTACGCCCTCAAGGATAAAGGTGTTAAGATTGCAATTGCCTCAAGATCACCAACTCCTGATATAGCTAACACTTTTCTTGATAAATTGGGGATAAAATCATTGTTTGTTGCTCAGGAGCGGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791017.1
MEIMGLFQLLPRLVVFDLDYTLWPFYCECRSKRDMPRVYPHAKGILYALKDKGVKIAIASRSPTPDIANTFLDKLGIKSLFVAQERQQLKRAQLQASRDTAASYMRNPMVSPSHCRFSHLLKKKKRRSRTSKG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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