当前解析结果
SmilChr01G002370| 统一新 Gene ID | SmilChr01G002370 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G002370 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G002370 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 40886415 - 40886816 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131008137 |
|---|---|
| GeneID | 131008137 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008137 |
| 原始查询 | LOC131008137 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815897]; symbol=AT2G14110; hit=AT2G14110; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815897]; symbol=AT2G14110; hit=AT2G14110; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT2G14110 (AT2G14110)Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815897] identity=80; qcov=0.639; evalue=7.25e-49; confidence=medium |
| Rice | Os03g0737400 (OSJNBb0016H12.23)- identity=75.3; qcov=0.639; evalue=2.64e-46; confidence=medium |
| GO | GO:0003993 (acid phosphatase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF12689 (Acid_PPase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008137 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057791017.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057791017.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057791017.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057791017.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791017.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:40886556 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr1:40886574 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C16 |
Chr1:40886747 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791017.1PF12689
Acid_PPase 10-31 aa
PF12689
Acid_PPase 37-86 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791017.1 |
Pfam | PF12689 |
Acid_PPase | Family | 10 | 31 | 1.6e-17 | 64.6 | Acid Phosphatase |
XP_057791017.1 |
Pfam | PF12689 |
Acid_PPase | Family | 37 | 86 | 1.6e-17 | 64.6 | Acid Phosphatase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。