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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001223

染色体: Chr02 坐标: 22480981-22489772 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001223
名称SmilChr02G001223
描述uncharacterized SmilChr02G001223
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向22480981 - 22489772 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008141
GeneID131008141
locus_tag-
NCBI NameLOC131008141
原始查询LOC131008141

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述P0410E01.34-1; symbol=P0410E01.34-1; hit=Os01g0613900; species=rice; confidence=medium
产物P0410E01.34-1; symbol=P0410E01.34-1; hit=Os01g0613900; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT2G34090 (MEE18)
maternal effect embryo arrest 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817970]
identity=52.5; qcov=0.625; evalue=6.56e-38; confidence=medium
RiceOs01g0613900 (P0410E01.34-1)
-
identity=53.3; qcov=0.652; evalue=4.6e-42; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008141

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057791018.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057791018.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057791018.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791018.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791018.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:22481137 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr2:22481142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B46
Chr2:22481487 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 20 A13,A18,A22,B1,B110,B120,B122,B22,B25,B26,B74,B95,C13,C18,C2,C28,C35,C48,D2,D5
Chr2:22481801 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B24,B66,B8,C39
Chr2:22481824 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 52 A10,A13,A16,B10,B104,B12,B120,B123,B130,B131,B133,B135,B137,B2,B25,B27,B29,B30,B32,B33,B38,B39,B44,B51,B53,B55,B64,B78,B91,C2,C29,C31,C32,C35,C4,C46,C49,C55,C57,C59,C6,C62,C63,C64,C66,C68,C73,C78,C8,D3,D4,D9
Chr2:22482528 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr2:22482594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B25,B88
Chr2:22483265 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B107,B5,B62,C60
Chr2:22483332 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B107,B62,C60
Chr2:22483353 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr2:22483362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:22483366 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B25,B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935035.1
ATGGCTACACAGCAGGTAGCGATTGCTACGCAGCTGGCAGAGCTGACTACTAAAATTAGTGAGTTGAATGTTAGACGTCCTGAGCAAGTTGTGAAAGACCCGTCAGCCTCCATTTCCTCTCTGAATTTCGCGAACCCTAGGCAACACAATCCGCCTCGCTTGCCACGCTCTATCCCCAATCTCGCCACCCCTATCGTCTTCGCTAACCCTAGGCACTGTGTCCCTCAGGTTGTGGCCCCTGTCCTCGCTAACCCTAGGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008141
ATGGCTACACAGCAGGTAGCGATTGCTACGCAGCTGGCAGAGCTGACTACTAAAATTAGTGAGTTGAATGTTAGACGTCCTGAGCAAGTTGTGAAAGACCCGTCAGCCTCCATTTCCTCTCTGAATTTCGCGAACCCTAGGCAACACAATCCGCCTCGCTTGCCACGCTCTATCCCCAATCTCGCCACCCCTATCGTCTTCGCTAACCCTAGGCACTGTGTCCCTCAGGTTGTGGCCCCTGTCCTCGCTAACCCTAGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791018.1
MATQQVAIATQLAELTTKISELNVRRPEQVVKDPSASISSLNFANPRQHNPPRLPRSIPNLATPIVFANPRHCVPQVVAPVLANPRFRAPISPVVCLVPATPLRLLSVAPLRLLSAEHFWFFSRISIGNFFFAGARIFFQSLDAAIFLFTRVSQIPTESPVLPVISTNDRLTLVLLFFMVFPSTNQTVLDHLNNVDSIIYAMGSLFTLICPSLVLRGIGESISSRSCPKVCGGLNEPYVELKRLVNSQEMLYHMAS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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