Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001237`

染色体: Chr02 坐标: 22747709-22748731 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001237`
名称	SmilChr02G001237
描述	uncharacterized SmilChr02G001237
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	22747709 - 22748731 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008143`
GeneID	`131008143`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008143`
原始查询	`LOC131008143`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=27.2; qcov=0.497; evalue=2.39e-18; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14111 (DUF4283); PF14392 (zf-CCHC_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008143

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057791020.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057791020.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791020.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791020.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791020.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:22747722`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A25,B85,B97,C56,C60
`Chr2:22747723`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B25,B29,D6
`Chr2:22747774`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B25,D6
`Chr2:22747813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B107,C59,C81
`Chr2:22747847`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	B108,B125,B26,B42,B61,B77,B8,B80,C72
`Chr2:22747876`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B120
`Chr2:22747907`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C46
`Chr2:22747925`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B45
`Chr2:22747925`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr2:22747932`	`AGC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	22	A15,A25,B104,B113,B118,B127,B22,B37,B38,B39,B59,B62,B9,B94,B97,C13,C21,C27,C36,C65,C72,D11
`Chr2:22747934`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	32	A1,A13,A20,A3,B100,B112,B133,B138,B139,B15,B17,B44,B48,B60,B64,B66,B69,B72,B79,B87,B98,C12,C22,C3,C35,C4,C61,C64,C66,D2,D6,D9
`Chr2:22747935`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791020.1

340 aa

170

340

DUF4283

zf-CCHC_4

PF14111 DUF4283 96-160 aa PF14392 zf-CCHC_4 235-266 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791020.1`	Pfam	`PF14111`	DUF4283	Domain	96	160	1.9e-06	28.2	Domain of unknown function (DUF4283)
`XP_057791020.1`	Pfam	`PF14392`	zf-CCHC_4	Domain	235	266	4.3e-07	30.2	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935037.1
ATGACTAGAGAGGCGGTGGCCTTGATGAATATAAACAGCGACACCATGAAAACGGCGGAGGAACCGTCGTCTATTCCTAGAGTTTCGTACTCAAAAAAAGTTCAGCAAGCTACGAACAAACCTGCGGATGTTCTCGCGCAAGATTACTGCTCCCTTCACCCGTTCAAGAAAAACGATCACATTCACTTTGATATCCCTGATGAACTTTATAATCAACAGCTGAAGCGATTCTCTCTTGCGTTACATGCTAGGCTTATTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008143
ATGACTAGAGAGGCGGTGGCCTTGATGAATATAAACAGCGACACCATGAAAACGGCGGAGGAACCGTCGTCTATTCCTAGAGTTTCGTACTCAAAAAAAGTTCAGCAAGCTACGAACAAACCTGCGGATGTTCTCGCGCAAGATTACTGCTCCCTTCACCCGTTCAAGAAAAACGATCACATTCACTTTGATATCCCTGATGAACTTTATAATCAACAGCTGAAGCGATTCTCTCTTGCGTTACATGCTAGGCTTATTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791020.1
MTREAVALMNINSDTMKTAEEPSSIPRVSYSKKVQQATNKPADVLAQDYCSLHPFKKNDHIHFDIPDELYNQQLKRFSLALHARLILQKGESRRSAEDIKTELQQRWGISAPWQVIPLGKGFFTLRFSGENDLAKAKSKAFWKLKAGILKIREWVPLFNPYKETAALSQVWLRIYYLPHELWHPDIVSGLARSAGTPIKIDGSTFLGAVGHYARVLIEMDVTNDIVYNLTVNRGSTSFEIEFVYENLPYFCGICRKVGHS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器