Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001258`

染色体: Chr02 坐标: 23079644-23082638 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001258`
名称	SmilChr02G001258
描述	uncharacterized SmilChr02G001258
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	23079644 - 23082638 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008150`
GeneID	`131008150`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008150`
原始查询	`LOC131008150`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=42.9; qcov=0.152; evalue=2.76e-27; confidence=weak
Rice	`Os12g0142900` - identity=38.9; qcov=0.588; evalue=5.73e-106; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF17919 (RT_RNaseH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008150

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057791027.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057791027.1`
3	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057791027.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057791027.1`
5	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057791027.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791027.1

831 aa

416

831

PEG10_N-capsid

zf-CCHC

RVP_2

RVT_1

RT_RNaseH_2

PF03732 PEG10_N-capsid 39-113 aa PF00098 zf-CCHC 271-287 aa PF08284 RVP_2 346-399 aa PF08284 RVP_2 404-437 aa PF00078 RVT_1 556-716 aa PF17919 RT_RNaseH_2 779-822 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791027.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	39	113	9.9e-10	39.3	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057791027.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	271	287	8.3e-06	26.4	Zinc knuckle
`XP_057791027.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	346	399	4.4e-17	62.9	Retroviral aspartyl protease
`XP_057791027.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	404	437	4.4e-17	62.9	Retroviral aspartyl protease
`XP_057791027.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	556	716	7.1e-39	134.5	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057791027.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	779	822	7.9e-13	49.1	RNase H-like domain found in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935044.1
ATGCCTCCACGAAGAGTGTACAGAAATGTACCCGTGAATGAGGAAGAACCCAGAGAACCTACACCGCCGTCTCCACCTCAAGATAGGAGAGTGGAAGAACTTTTCTTAAGACAGAACCCACCGACTTTCGCAGGCACGGGAGACCCTGCTGAAACGGAAGAATGGATTCGTGCTATGGAACGAATCTTTCGATTTTTGAGATGCAACGACGCAGAACGTCTTATGTGCGTGTCTTACCAGCTGAAAGGAACCGCCGACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008150
ATGCCTCCACGAAGAGTGTACAGAAATGTACCCGTGAATGAGGAAGAACCCAGAGAACCTACACCGCCGTCTCCACCTCAAGATAGGAGAGTGGAAGAACTTTTCTTAAGACAGAACCCACCGACTTTCGCAGGCACGGGAGACCCTGCTGAAACGGAAGAATGGATTCGTGCTATGGAACGAATCTTTCGATTTTTGAGATGCAACGACGCAGAACGTCTTATGTGCGTGTCTTACCAGCTGAAAGGAACCGCCGACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791027.1
MPPRRVYRNVPVNEEEPREPTPPSPPQDRRVEELFLRQNPPTFAGTGDPAETEEWIRAMERIFRFLRCNDAERLMCVSYQLKGTADYWWEAKQKTMAPEQLDELTWELFKTALLEYDRLFCDLARYAPYRVDTDEKMSELFCAGLRQEIRVVLASQTALSYAEALNRALDMELAMQPEKTTHTPTPPSAQYTQVSNTPYSNQGQKGKRKWENRGNEGKKPWQGQNVQAPFVKGDKLFYGGPATSHPGHQGIPPCPKCNKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器