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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001260

染色体: Chr02 坐标: 23115866-23117023 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001260
名称SmilChr02G001260
描述uncharacterized SmilChr02G001260
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向23115866 - 23117023 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008151
GeneID131008151
locus_tag-
NCBI NameLOC131008151
原始查询LOC131008151

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os09g0480300; species=rice; confidence=low
产物hit=Os09g0480300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs09g0480300
-
identity=32.3; qcov=0.635; evalue=7.37e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008151

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791028.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791028.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791028.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791028.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057791028.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:23115877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr2:23115907 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 51 A18,A2,A20,A6,A8,B10,B106,B11,B110,B119,B132,B137,B18,B19,B26,B32,B33,B34,B47,B50,B52,B57,B60,B63,B73,B77,B81,B83,B86,B88,B9,B99,C10,C2,C26,C28,C3,C35,C36,C39,C40,C41,C5,C51,C6,C65,C71,C75,C82,C87,D11
Chr2:23115918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B21,C15
Chr2:23116053 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 30 A18,A2,B100,B11,B119,B123,B133,B136,B17,B26,B36,B47,B51,B52,B57,B77,B87,B88,B93,C18,C2,C23,C39,C40,C5,C51,C65,C71,C77,C87
Chr2:23116055 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 37 A20,A6,A8,B10,B106,B110,B132,B137,B18,B19,B25,B32,B33,B34,B37,B41,B50,B52,B60,B63,B72,B73,B81,B83,B86,B9,B99,C10,C26,C28,C35,C36,C41,C6,C75,C82,C87
Chr2:23116120 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B104,B83,C17,C21
Chr2:23116127 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 8 B10,B134,B81,B82,B91,C16,C6,C83
Chr2:23116211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B135,B67,B68,C60
Chr2:23116277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr2:23116282 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr2:23116285 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 33 A10,A14,A15,B108,B124,B138,B140,B23,B35,B45,B5,B7,B80,B85,B9,B90,B92,C13,C16,C22,C39,C4,C43,C49,C58,C62,C65,C75,C8,C82,C84,D3,D6
Chr2:23116297 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935045.1
GGGCCTGTTACCTGCAATCGAGCAACTATTTCCTTATTGTGAGCACAGATTTTGTGTGCGACACATCTTGGCCAACTTTAAGTTAAGATTTCAAGGGAAAGAAGTGAAAGATCTACTATGGAGTTCAGCAAGAGCCAGTCACCCAGATGCTTTCAAGAAACAAATGGACAAGCTAGCAAGGTTGAACAATGAGGCATATCAATATTTAAATAATATATCTCCTAATCACTGGACAAGGTCACATTTTTTTACTAACACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008151
ATGTATTACAACAATGATAACCCTTGTGACTACATTGATAATTGCTATAAAGTGTCTACATACTTGAAGACTTATAGTCATTTGATAAATCCTACTAATGGAAAAGATATGTGGCCTAAAAGCATTATGCCTCCTATCATACCAAATGAGGTTCCAAAGCCAAAAAAAGGTAGAAGACAAATAATGCGAAAGAAGGAACCTGGTGAGGGTTCAAATGGAACCAAGAACGGAATCGTTAGTGGAAAGGTCTCTAAGAAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791028.1
MYYNNDNPCDYIDNCYKVSTYLKTYSHLINPTNGKDMWPKSIMPPIIPNEVPKPKKGRRQIMRKKEPGEGSNGTKNGIVSGKVSKKGTVMHCSICGSTEHNKRYHGKQGSDATQPIPKKLPVRRNKSVGQSGGLHSISMPHTMQWMPDVSSKLENL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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