当前解析结果
SmilChr02G001302| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001302 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001302 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G001302 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 24159815 - 24161747 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008167 |
|---|---|
| GeneID | 131008167 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008167 |
| 原始查询 | LOC131008167 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | ATMG00310- identity=40.7; qcov=0.263; evalue=5.79e-35; confidence=weak |
| Rice | Os06g0484800- identity=30.4; qcov=0.764; evalue=1.45e-56; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008167 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057791044.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057791044.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057791044.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791044.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791044.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:24159818 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B64,B8 |
Chr2:24159818 |
A |
AC |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B64,B8 |
Chr2:24159869 |
C |
CCT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 89 | A11,A13,A14,A20,A22,B10,B101,B102,B106,B108,B111,B112,B114,B117,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B129,B132,B133,B134,B135,B136,B14,B15,B2,B22,B26,B27,B28,B3,B31,B32,B33,B35,B37,B42,B43,B47,B48,B55,B59,B6,B66,B7,B71,B72,B75,B79,B80,B82,B83,B84,B86,B87,B89,C20,C21,C22,C23,C25,C3,C34,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C52,C62,C63,C74,C75,C77,C8,C80,C85,C87,C9,D11,D3,D8,D9 |
Chr2:24159873 |
TCC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C3 |
Chr2:24159873 |
TCC |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C3 |
Chr2:24159882 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B106,B55 |
Chr2:24159882 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B106,B55 |
Chr2:24159929 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B91,C64,C66 |
Chr2:24159961 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B104,D11 |
Chr2:24159961 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,D11 |
Chr2:24159966 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B91,C64,C66 |
Chr2:24160006 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B117,B122,B94,C61 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。