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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001308

染色体: Chr02 坐标: 24321407-24321957 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001308
名称SmilChr02G001308
描述uncharacterized SmilChr02G001308
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向24321407 - 24321957 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008169
GeneID131008169
locus_tag-
NCBI NameLOC131008169
原始查询LOC131008169

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008169

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791046.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057791046.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791046.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791046.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791046.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:24321407 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr2:24321527 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 2 A10,C86
Chr2:24321527 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 2 A10,C86
Chr2:24321605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr2:24321607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B61,C7,C71,D3
Chr2:24321627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:24321628 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 B23,B24,B3,B78,C32,C68,D9
Chr2:24321638 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr2:24321654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B95,C32,C68
Chr2:24321675 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B95,C32,C68
Chr2:24321729 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A21,B122,B60,C85
Chr2:24321747 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 79 A10,A11,A15,A16,A18,A19,A20,A22,A3,A4,A7,A9,B10,B101,B109,B11,B111,B113,B115,B12,B120,B127,B130,B132,B133,B138,B20,B21,B22,B23,B28,B30,B37,B42,B43,B48,B56,B57,B58,B60,B62,B74,B78,B79,B80,B88,B90,B92,B93,B94,B96,B97,C13,C18,C19,C24,C29,C31,C32,C34,C38,C40,C42,C43,C44,C49,C57,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C68,C81,C83,C86,D3,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935063.1
ATGAAAACTCTGGAAGATGAAACTTTGAGAATCAAGATACTAGATGATGATGATTTAAAATTAGTAATTGATTCTTTTCAAGTGCCGAAGATCTTTGTATCAGTTCTTCAAAAGATAAATGTTCCTTTTTCTAGTTTTGTGAATATGTTGAACTCTCAAGTCACAAATGTGAATATGAAACAACCACTGTTTGAAACGCTACAAAATTCTCAAAGAAACATGGATCAACTTATAGTGCCTAGACATGACGTTCAAACTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008169
ATGAAAACTCTGGAAGATGAAACTTTGAGAATCAAGATACTAGATGATGATGATTTAAAATTAGTAATTGATTCTTTTCAAGTGCCGAAGATCTTTGTATCAGTTCTTCAAAAGATAAATGTTCCTTTTTCTAGTTTTGTGAATATGTTGAACTCTCAAGTCACAAATGTGAATATGAAACAACCACTGTTTGAAACGCTACAAAATTCTCAAAGAAACATGGATCAACTTATAGTGCCTAGACATGACGTTCAAACTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791046.1
MKTLEDETLRIKILDDDDLKLVIDSFQVPKIFVSVLQKINVPFSSFVNMLNSQVTNVNMKQPLFETLQNSQRNMDQLIVPRHDVQTENVAANHFERIANNVVDGEHGVDWGYSENVDSLDSLGDAFDDGCDDDDDDDDDDDDDDDSDGS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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