Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001359`

染色体: Chr02 坐标: 25413893-25416414 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001359`
名称	SmilChr02G001359
描述	uncharacterized SmilChr02G001359
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	25413893 - 25416414 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008187`
GeneID	`131008187`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008187`
原始查询	`LOC131008187`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=39.3; qcov=0.3; evalue=1.26e-15; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF08284 (RVP_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008187

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057791063.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057791063.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791063.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791063.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791063.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:25413898`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B33,B79,C36,C82
`Chr2:25413900`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	A20,B13,B33,B41,B79,C13,C36,C54,C76,C82
`Chr2:25413902`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A18
`Chr2:25413902`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A18
`Chr2:25413939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,C43,D2
`Chr2:25413944`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B122,C60
`Chr2:25413944`	`A`	`AAC`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B122,C60
`Chr2:25413947`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B122,C60
`Chr2:25413947`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B122,C60
`Chr2:25413959`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	B123,B136,B17,B36,B47,B51,B52,B6,B87,C18,C23,C3,C39,C65,C67
`Chr2:25413962`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	20	A20,A23,A3,B109,B25,B37,B4,B6,B63,B72,B73,B79,B81,B9,B94,C19,C54,C64,C66,C77
`Chr2:25414006`	`A`	`ACT`	2bp_insertion	frameshift_variant	36	A1,A10,A22,A5,A7,A9,B1,B107,B112,B117,B125,B128,B19,B2,B21,B25,B3,B32,B5,B54,B57,B63,B85,C15,C40,C45,C49,C58,C6,C71,C74,C77,C83,C9,D3,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791063.1

373 aa

186

373

RVP_2

PF08284 RVP_2 217-272 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791063.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	217	272	1.1e-08	35.7	Retroviral aspartyl protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935080.1
ATGGCGAACACAGATGTTGAAGATGAGACAGAGAATGACGATGATAGTGGGAACTGCTTGACTGATGGAGGTGGGGATGAAGAGACCGAGCCCAGTGAGGAGGTGTCAGTAGATGATGTTGAAAGCAGACTTAAGGGGTCAGCAGATTTTTGGTGGGAAGCGAAGCAGAAAACCATGACCCCAGAACAGATGGCTGCTCTAACTTGGGAGCAATTTAAGATAGCTCTGTATGAAAAATATGTACCGCGAAGTTATCGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008187
ATGGCGAACACAGATGTTGAAGATGAGACAGAGAATGACGATGATAGTGGGAACTGCTTGACTGATGGAGGTGGGGATGAAGAGACCGAGCCCAGTGAGGAGGTGTCAGTAGATGATGTTGAAAGCAGACTTAAGGGGTCAGCAGATTTTTGGTGGGAAGCGAAGCAGAAAACCATGACCCCAGAACAGATGGCTGCTCTAACTTGGGAGCAATTTAAGATAGCTCTGTATGAAAAATATGTACCGCGAAGTTATCGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791063.1
MANTDVEDETENDDDSGNCLTDGGGDEETEPSEEVSVDDVESRLKGSADFWWEAKQKTMTPEQMAALTWEQFKIALYEKYVPRSYRKKKEMEFVNLRQGNKIVAEYDRLFCDLARYAPYRVDTDEKISELFCSGLKQEIRVVLASQSALSYAEALNRALDMELQSGSGGRPNQFQPQLKAMEGHLPLPPPQRQQQAYRPHQSGRRPLAPQANQQHHQRVFAINQKAKDENQGNLAGMGELEGVTIVILFDTGASHSFISI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器