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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000282

染色体: Chr01 坐标: 5531763-5533268 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000282
名称SmilChr01G000282
描述uncharacterized SmilChr01G000282
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向5531763 - 5533268 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008189
GeneID131008189
locus_tag-
NCBI NameLOC131008189
原始查询LOC131008189

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]; symbol=AT1G43760; hit=AT1G43760; species=arabidopsis; confidence=low
产物DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]; symbol=AT1G43760; hit=AT1G43760; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G43760 (AT1G43760)
DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]
identity=27.9; qcov=0.758; evalue=2.87e-39; confidence=low
RiceOs06g0484800
-
identity=26.8; qcov=0.804; evalue=4.63e-39; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008189

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057791084.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057791084.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791084.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791084.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057791084.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:5531769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B12,B22,D7
Chr1:5531794 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B24,C45
Chr1:5531795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr1:5531804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,B60,B8,B85
Chr1:5531817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr1:5531818 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,B75,C73
Chr1:5531822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,B60,B8,B85
Chr1:5531823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:5531833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C18,C19,C82
Chr1:5531868 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 5 B137,B43,B52,C77,D8
Chr1:5531868 A AT 1bp_insertion CDS_variant 5 B137,B43,B52,C77,D8
Chr1:5531872 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 42 A10,A14,A19,A3,A9,B1,B100,B108,B109,B11,B117,B123,B126,B137,B138,B20,B26,B28,B32,B37,B42,B46,B49,B61,B7,B81,B87,B89,B9,B90,C22,C23,C26,C34,C40,C49,C53,C57,C60,C70,C75,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935101.1
ATGAATTTTCTGGTTTGGAACGTGCGTGGTATCACAGACGAATCTAAACTTATCTTAAAGGAGCACTGTCGCTCCTTTTCTCCTTTGATTGTCGGTATCATCGAACCTAAAGCAGCGTTTTCCAACACTGCTAGCAGTTTCTGGAAGTCTCTTAACCTTATTAATTGTTTTCAGAATTCTAGATTGAATATGTGTTCTAACATTTGGATTGTTAATCATCCTGACGTGAGTACTGATGTGGTTTTCTCCTCGGATCAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008189
ATGAATTTTCTGGTTTGGAACGTGCGTGGTATCACAGACGAATCTAAACTTATCTTAAAGGAGCACTGTCGCTCCTTTTCTCCTTTGATTGTCGGTATCATCGAACCTAAAGCAGCGTTTTCCAACACTGCTAGCAGTTTCTGGAAGTCTCTTAACCTTATTAATTGTTTTCAGAATTCTAGATTGAATATGTGTTCTAACATTTGGATTGTTAATCATCCTGACGTGAGTACTGATGTGGTTTTCTCCTCGGATCAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791084.1
MNFLVWNVRGITDESKLILKEHCRSFSPLIVGIIEPKAAFSNTASSFWKSLNLINCFQNSRLNMCSNIWIVNHPDVSTDVVFSSDQVVIVDCVWRTRQFCTAIVHGSSSHLERRQLWMDIINHLVRDFVVIGDFNAVKGAHERSSNCLPNATACADFCDFIDALGCIESPTVGLKYTWSGRRFMPSHVESMLDRTFFSETFASPWHSVFTHVLPRITSDHSPIVLSCQMEQKARKFFRFLDMWSLHPDFLETVRHSWDKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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