Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001404`

染色体: Chr02 坐标: 26629385-26630862 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001404`
名称	SmilChr02G001404
描述	uncharacterized SmilChr02G001404
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	26629385 - 26630862 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008200`
GeneID	`131008200`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008200`
原始查询	`LOC131008200`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os06g0523701` - identity=28.7; qcov=0.359; evalue=7.92e-08; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008200

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791075.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057791075.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791075.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791075.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791075.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:26629402`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A5,B137,D4
`Chr2:26629402`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B137,D4
`Chr2:26629429`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B33,C27,C42
`Chr2:26629429`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B33,C27,C42
`Chr2:26629441`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr2:26629447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	27	A16,B100,B107,B108,B119,B123,B126,B138,B17,B36,B67,B81,B83,B87,B94,B95,C11,C13,C16,C19,C33,C39,C5,C69,C74,C84,D1
`Chr2:26629459`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C48,D11
`Chr2:26629478`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr2:26629538`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,D3
`Chr2:26629551`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,D3
`Chr2:26629557`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	45	A1,A15,B100,B106,B119,B123,B125,B129,B13,B132,B20,B22,B23,B26,B3,B33,B34,B37,B43,B44,B47,B50,B51,B52,B59,B62,B68,B75,B90,B95,C32,C33,C41,C43,C44,C47,C56,C61,C62,C67,C68,C76,C80,C81,D4
`Chr2:26629600`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	A14,A5,B137,B14,B33,B44,C3,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935092.1
ATGGTACACTTGAAGGATGTTGAAGATGATAAAAAGATGATGGTAGTCCAATTCCTTCTTCAAAACTCCAAGGATGGCAAACCCAAATACGGCAAAATGAAGGATGCCGACATCAAATTCAACTTGGGGAGGCGCACGATCACTCGTTTTTGGGCTGAAGCAAAGAAACAAAAGATTCAAGGTCAGCTCATCAATTTAACATCCACAAAAAGGTATACACCACGTTTCACAAAGTGTGTTCAGATTAACATAGAGCAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008200
ATGGTACACTTGAAGGATGTTGAAGATGATAAAAAGATGATGGTAGTCCAATTCCTTCTTCAAAACTCCAAGGATGGCAAACCCAAATACGGCAAAATGAAGGATGCCGACATCAAATTCAACTTGGGGAGGCGCACGATCACTCGTTTTTGGGCTGAAGCAAAGAAACAAAAGATTCAAGGTCAGCTCATCAATTTAACATCCACAAAAAGGTATACACCACGTTTCACAAAGTGTGTTCAGATTAACATAGAGCAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791075.1
MVHLKDVEDDKKMMVVQFLLQNSKDGKPKYGKMKDADIKFNLGRRTITRFWAEAKKQKIQGQLINLTSTKRYTPRFTKCVQINIEQIQSLELCRRGTIRKLAFGIKCSKSTVGRWVNLGLIKAHVSAIKPDQTAPNKLLRPIFDENGNVIFDGKISIFPFIEKVPAKRRSKNTSAGTLETKPLQSITTVVTKECFINKAKSHISDLDPEFRQAASQKGFDIRIVHQPPYSPDTNVNDLGWFRAIQSIQEEAVCTTVDQLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器