Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001504`

染色体: Chr02 坐标: 28086127-28086837 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001504`
名称	SmilChr02G001504
描述	uncharacterized SmilChr02G001504
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	28086127 - 28086837 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008226`
GeneID	`131008226`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008226`
原始查询	`LOC131008226`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008226

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791102.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057791102.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057791102.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057791102.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791102.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:28086136`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B8,C24
`Chr2:28086171`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B138,B90,B92,C21,C73
`Chr2:28086171`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B138,B90,B92,C21,C73
`Chr2:28086186`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B42,B43,C50
`Chr2:28086186`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,B43,C50
`Chr2:28086192`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	35	A1,A15,A18,A21,A24,A7,A9,B103,B124,B126,B131,B16,B20,B33,B34,B46,B5,B53,B54,B59,B6,B71,B82,B98,C27,C37,C48,C53,C60,C67,C74,C81,C83,C86,C9
`Chr2:28086201`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B138,B90,B92,C21,C73
`Chr2:28086201`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B138,B90,B92,C21,C73
`Chr2:28086237`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B107,C10,C3,D3
`Chr2:28086292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B47,C59,D9
`Chr2:28086328`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B45,C42,C82
`Chr2:28086330`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935119.1
ATGTTCTGCGATATGTCTAGGTATGCACCGGATCAGGTTGACACAGATGAGAAGATGGCTGAGAAGTTCTGTGCCGGTCTGAGGCACGAGAATAGGATGACTTTGGCAAGTCACGGAGGATTATCCTATACTGAGTCACTCAGTCGAGCGCTAGACATTGAGGCAGCAATACCGGGAGAAAGACCAGCAACGGCAACTGCATCCGCACCGCCGCATAACCAGAGTCATAATCAGAATTTCAAAGGAAAGAGGAAATGGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008226
ATGTTCTGCGATATGTCTAGGTATGCACCGGATCAGGTTGACACAGATGAGAAGATGGCTGAGAAGTTCTGTGCCGGTCTGAGGCACGAGAATAGGATGACTTTGGCAAGTCACGGAGGATTATCCTATACTGAGTCACTCAGTCGAGCGCTAGACATTGAGGCAGCAATACCGGGAGAAAGACCAGCAACGGCAACTGCATCCGCACCGCCGCATAACCAGAGTCATAATCAGAATTTCAAAGGAAAGAGGAAATGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791102.1
MFCDMSRYAPDQVDTDEKMAEKFCAGLRHENRMTLASHGGLSYTESLSRALDIEAAIPGERPATATASAPPHNQSHNQNFKGKRKWDNNNPGQAERRPWQGQTFQSPGYGNQNAQRPMGGNQQRAPPCPKCNKNHGGNCKAGSDGCYICHHKGHYAKQCPNKQYGTSSKPNIPIQAPHLRAIQAQPQPHLGQSQQNQQPQHLQLQYQHPQQYQPQQQQLFQQQPRQQPQQQQKQHG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器