当前解析结果
SmilChr02G001522| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001522 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001522 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G001522 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 28350071 - 28352496 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008233 |
|---|---|
| GeneID | 131008233 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008233 |
| 原始查询 | LOC131008233 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0315200- identity=32.8; qcov=0.44; evalue=1.69e-22; confidence=low |
| GO | GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF19259 (Ty3_capsid); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008233 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057791109.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057791109.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057791109.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791109.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791109.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:28350076 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B126,B2,B44,C22 |
Chr2:28350106 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 22 | A20,A5,B101,B102,B104,B115,B136,B17,B36,B44,B47,B50,B52,B57,B94,B95,C23,C39,C42,C84,C86,D4 |
Chr2:28350107 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D5 |
Chr2:28350109 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr2:28350118 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B102,B35,B44,D4 |
Chr2:28350127 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 13 | A20,B104,B127,B17,B36,B47,B52,B94,B95,C23,C39,C84,C86 |
Chr2:28350301 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B124,B64,B81,C60 |
Chr2:28350326 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr2:28350342 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B135,B83,C19,C59 |
Chr2:28350349 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B11,B87,D9 |
Chr2:28350436 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A14,B46,B47,C47,C56 |
Chr2:28350453 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,B95 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791109.1PF19259
Ty3_capsid 33-185 aa
PF03732
PEG10_N-capsid 42-121 aa
PF13975
gag-asp_proteas 187-270 aa
PF13650
Asp_protease_2 189-267 aa
PF08284
RVP_2 189-287 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 189-287 aa
PF00078
RVT_1 357-412 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791109.1 |
Pfam | PF19259 |
Ty3_capsid | Domain | 33 | 185 | 2.2e-07 | 31.2 | Ty3 transposon capsid-like protein |
XP_057791109.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 42 | 121 | 5.1e-14 | 53.1 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
XP_057791109.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 187 | 270 | 3e-09 | 38.0 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057791109.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 189 | 267 | 3e-08 | 35.0 | Aspartyl protease |
XP_057791109.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 189 | 287 | 9.8e-22 | 77.9 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057791109.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 189 | 287 | 5.6e-12 | 46.8 | PEG10/RTL1 protease domain |
XP_057791109.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 357 | 412 | 4.7e-09 | 37.1 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。