当前解析结果
SmilChr02G001581| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001581 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001581 |
| 描述 | 187-kDa microtubule-associated protein AIR9-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 29531658 - 29534196 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131008255 |
|---|---|
| GeneID | 131008255 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131008255 |
| 原始查询 | LOC131008255 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 187-kDa microtubule-associated protein AIR9-like |
| 产物 | 187-kDa microtubule-associated protein AIR9-like |
| Arabidopsis | AT2G34680 (AIR9)Outer arm dynein light chain 1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818033] identity=47.5; qcov=0.559; evalue=1.23e-17; confidence=low |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF23197 (IG_AIR9) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131008255 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057791127.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057791127.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057791127.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057791127.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057791127.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:29531717 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B108,B117,B9,C23,C82 |
Chr2:29531741 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr2:29531771 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B106,B63,B73,B83 |
Chr2:29531773 |
AAT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B104 |
Chr2:29531773 |
AAT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:29531898 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:29531950 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr2:29531953 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C31 |
Chr2:29531958 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B4,B50,B58,B93,C78 |
Chr2:29531962 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B106,B50,B73,B83 |
Chr2:29531962 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B106,B50,B73,B83 |
Chr2:29531973 |
CT |
* |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B106,B50 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057791127.1PF23197
IG_AIR9 79-169 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057791127.1 |
Pfam | PF23197 |
IG_AIR9 | Domain | 79 | 169 | 2e-11 | 44.3 | AIR9 A9 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。